BGI CLI

BGI CLI 是面向中国生物学研究者的 AI 终端工具，开箱即用，无需额外配置。

• ✅ 开箱即用 — clone 仓库后一键安装即可
• ✅ 内置 1001 个技能 — 涵盖生信分析、结构生物学、药物发现、临床等全领域，自动安装
• ✅ 智能技能路由 — 描述任务自动激活对应技能，无需手动搜索
• ✅ 中国 AI 服务商 — 百炼(DashScope)聚合：Qwen、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
• ✅ 真实工具调用 — 执行 bash、读写文件、运行 R/Python 脚本
• ✅ 内网支持 — 可接入公司私有化部署的大模型

安装

环境要求： Node.js 18+

git clone https://gitlab.genomics.cn/ai/bgi-cli.git
cd bgi-cli
npm install
npm run build
sudo npm link

macOS / Linux 无 root 权限时，npm link 可能报 EACCES 权限错误，需先配置 npm 用户目录：

mkdir -p ~/.npm-global
npm config set prefix '~/.npm-global'
echo 'export PATH=~/.npm-global/bin:$PATH' >> ~/.bashrc  # zsh 用户改为 ~/.zshrc
source ~/.bashrc
npm link   # 再次执行

安装完成后直接运行：

bgi

首次运行自动初始化技能库（约 16MB），无需额外操作。

卸载

# 卸载命令行工具
cd bgi-cli
npm unlink

# 删除本地数据（配置、技能库）
# Linux / macOS
rm -rf ~/.bgicli

# Windows PowerShell
Remove-Item -Recurse -Force "$env:USERPROFILE\.bgicli"

快速开始

bgi                    # 启动
/connect               # 首次配置 API Key
/cat                   # 浏览技能分类目录
/sk deseq2             # 搜索并激活 DESeq2 技能
/help                  # 查看全部命令

首次运行提示配置百炼 (DashScope) API Key：

• 获取地址：bailian.console.aliyun.com → API Key 管理

支持的 AI 服务商

百炼 · 阿里云 (DashScope) — 默认

通过百炼统一接入多个国内主流模型：

| 模型 | 命令 | |------|------| | Qwen3.5-plus（默认） | /model qwen3.5-plus | | Qwen3.5-397B（旗舰） | /model qwen3.5-397b-a17b | | Qwen3-235B | /model qwen3-235b-a22b | | Qwen3-Coder-Plus | /model qwen3-coder-plus | | DeepSeek-R1（推理） | /model deepseek-r1 | | DeepSeek-V3 | /model deepseek-v3 | | DeepSeek-V3.2 | /model deepseek-v3.2 | | Kimi-K2.5 | /model kimi-k2.5 | | Kimi-K2-Thinking（推理） | /model kimi-k2-thinking | | MiniMax-M2.5 | /model MiniMax-M2.5 | | GLM-5 | /model glm-5 | | QwQ-Plus（推理） | /model qwq-plus |

获取 API Key：bailian.console.aliyun.com

内网私有化部署

/provider intranet     # 切换到内网 Qwen3-235B（无需 Key）

自定义 OpenAI 兼容服务

/connect custom        # 配置任意 vLLM / Ollama / FastChat 地址

命令参考

服务商 / 模型

| 命令 | 说明 | |------|------| | /provider <name> | 切换服务商（bailian / intranet / custom） | | /model <name> | 切换模型 | | /models | 列出当前服务商所有可用模型 | | /providers | 列出所有服务商 | | /connect [provider] | 配置 API Key | | /status | 显示当前配置 |

技能

| 命令 | 说明 | |------|------| | /cat | 按领域浏览技能分类目录（11个领域） | | /sk | 列出全部技能 | | /sk <关键词> | 搜索并激活技能（如 /sk deseq2、/sk alphafold） | | /wf | 同 /sk，别名 | | /install <url\|slug> | 从 GitHub 或 SkillHub 安装新技能 | | /uninstall <id> | 卸载已安装的技能 |

智能路由：直接描述任务，BGI CLI 自动识别并激活对应技能。

对话管理

| 命令 | 说明 | |------|------| | /clear | 清空对话历史（重置激活的技能） | | /history | 查看对话统计（轮次 / Token 估算） | | /save [文件名] | 保存对话为 Markdown 文件 | | /think [on\|off] | 切换思考模式（Qwen3 /think 前缀） |

断点与恢复

| 命令 | 说明 | |------|------| | /checkpoint | 保存当前对话断点（含激活的技能） | | /checkpoint save [标签] | 保存断点并指定标签 | | /checkpoint list | 列出本次会话所有断点 | | /checkpoint restore <id> | 恢复到指定断点 |

适合长时间分析任务中途保存进度，防止意外中断丢失上下文。

数据库管理

| 命令 | 说明 | |------|------| | /db list | 列出已注册的参考数据库 | | /db add <路径> [基因组] [类型] [说明] | 手动注册数据库路径 | | /db scan [目录] | 自动扫描文件系统查找已知数据库 | | /db rm <id> | 删除数据库记录 | | /db download [名称] | 显示标准数据库下载命令 |

注册后 AI 可自动引用正确路径，无需每次手动指定。支持 hg38/hg19/mm10 基因组、STAR/HISAT2 索引、GTF 注释等。

安全扫描

| 命令 | 说明 | |------|------| | /scan <命令> | 扫描命令安全风险，输出 CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW 等级 |

AI 执行每条 bash 命令前均自动扫描；CRITICAL 级别命令将被拦截。

文件与目录

| 命令 | 说明 | |------|------| | /cd <路径> | 更改工作目录 | | /cwd | 显示当前工作目录 | | /tools | 列出 AI 可调用的工具 | | @路径 | 消息中内嵌文件内容（如 @data.csv 里有什么?） |

会话报告与记忆

退出时（双击 Ctrl+C 或输入 exit）自动显示会话报告：

• 运行时长
• 消耗 Token（输入 / 输出）
• 执行命令成功 / 失败次数
• 可选保存会话记忆到 ~/.bgicli/memory/

其他

| 命令 | 说明 | |------|------| | /help | 显示帮助 | | exit / quit / q | 退出（显示会话报告） |

快捷键

| 快捷键 | 说明 | |--------|------| | Ctrl+C（单次） | 中断当前 AI 任务（保留对话历史） | | Ctrl+C（连按两次） | 退出程序（显示会话报告） |

内置技能库（1001个）

使用 /cat 浏览分类目录，/sk <关键词> 搜索，/install 安装更多技能。

🧬 转录组学

| 技能 ID | 说明 | |---------|------| | bulk-rnaseq-counts-to-de-deseq2 | DESeq2 差异表达分析 | | bulk-omics-clustering | 样本/特征聚类（K-Means / HDBSCAN） | | scrnaseq-scanpy-core-analysis | 单细胞 RNA-seq（Scanpy/Python） | | scrnaseq-seurat-core-analysis | 单细胞 RNA-seq（Seurat/R） | | spatial-transcriptomics | 空间转录组（Visium） | | coexpression-network | 共表达网络（WGCNA） | | functional-enrichment-from-degs | 功能富集（GO / KEGG / GSEA） | | grn-pyscenic | 基因调控网络（pySCENIC） |

🧪 基因组学

| 技能 ID | 说明 | |---------|------| | genetic-variant-annotation | VCF 变异注释（VEP / ANNOVAR） | | gwas-to-function-twas | GWAS → TWAS 因果基因 | | mendelian-randomization-twosamplemr | 孟德尔随机化 | | polygenic-risk-score-prs-catalog | 多基因风险评分（PRS） | | pooled-crispr-screens | CRISPR 文库筛选（MAGeCK / BAGEL2） |

🔗 表观基因组

| 技能 ID | 说明 | |---------|------| | chip-atlas-peak-enrichment | ChIP-seq 峰值富集 | | chip-atlas-diff-analysis | 差异结合分析 | | chip-atlas-target-genes | 转录因子靶基因鉴定 |

🏥 临床与流行病学

| 技能 ID | 说明 | |---------|------| | survival-analysis-clinical | 临床生存分析（KM 曲线 / Cox 回归 / 竞争风险） | | clinicaltrials-landscape | 临床试验格局分析 | | literature-preclinical | 临床前文献系统提取 | | experimental-design-statistics | 实验设计与统计检验 | | lasso-biomarker-panel | LASSO 生物标志物筛选 | | pcr-primer-design | PCR/qPCR 引物设计 |

📦 更多技能（979个）

结构生物学、单细胞、药物发现、抗体设计、文献检索、临床 AI 等，使用 /cat 或 /sk <关键词> 查找。

架构

bgi
├── src/index.ts        — CLI 主入口、命令处理、智能路由、会话管理
├── src/chat.ts         — 流式对话引擎（工具调用循环、进度渲染）
├── src/tools.ts        — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
├── src/security.ts     — 命令安全扫描（CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW）
├── src/databases.ts    — 参考数据库注册与管理
├── src/skillRouter.ts  — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
├── src/prompt.ts       — 生物信息学系统提示
├── src/providers.ts    — 中国 AI 服务商配置
├── src/config.ts       — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
└── data/               — 内置数据（Skills + Python 工具）

License

MIT