ARAMAS v1.1.1

Ambiente Remoto para o Aprendizado e Manipulação de Arquivos e Sistemas

O ARAMAS é uma plataforma educacional imersiva e gamificada projetada para o ensino de Linux e Bioinformática. Ele oferece um ambiente de terminal simulado onde estudantes podem praticar comandos reais, gerenciar sistemas de arquivos e executar pipelines de análise genômica em uma jornada baseada em missões, XP e progressão de ranks.

📋 Sumário

• 🚀 Demonstração Online
• 📦 Registro NPM
• 🧬 Principais Funcionalidades
• 📚 Estrutura Educacional
• 🛠️ Tecnologias Utilizadas
• 📦 Integração via NPM
• 📂 Estrutura do Projeto
• ⚙️ Desenvolvimento e Instalação
• 🤝 Contribuição
• 👤 Coordenação e Créditos
• 📝 Citação
• 📄 Licença

🚀 Demonstração Online

Acesse a plataforma agora: https://labiomics.github.io/aramas/

📦 Registro NPM

O pacote oficial está disponível em: https://www.npmjs.com/package/@labiomics/aramas

🧬 Principais Funcionalidades

🎮 Gamificação Ativa

• Sistema de XP e Ranks: Evolua de Novato(a) até Mestre da Bioinformática.
• Missões Estruturadas: 50+ missões divididas em 3 módulos de complexidade crescente.
• Conquistas: Desbloqueie insígnias como "Mestre dos Pipes" e "Administrador(a)".
• Persistência Local: Seu progresso e arquivos são salvos automaticamente no navegador.

💻 Terminal de Alta Performance

• Simulação Fiel: Baseado em XTerm.js com suporte a cores ANSI, histórico e auto-complete.
• VFS (Virtual File System): Sistema de arquivos em memória com suporte a permissões (chmod/chown), usuários (root/dayhoff) e diretórios padrão Linux.
• Suporte a Pipes: Encadeamento de comandos complexos (ex: grep | sort | uniq -c).

🔬 Foco em Bioinformática

• Bio-Commands: Simulação de ferramentas essenciais: samtools, bwa, fastqc, bcftools, snakemake, etc.
• Ciência de Dados: Suporte robusto a awk, sed, grep e editores como vim.
• Ambientes e Containers: Gerenciamento virtual via mamba, conda, docker e singularity.

🎯 Statement of Need

Modern bioinformatics relies heavily on command-line proficiency. However, the initial learning curve for the Linux terminal can be steep for students from life sciences backgrounds. Existing educational resources often fall into two categories: static tutorials that lack interactivity, or full virtual machines that require complex setup and resources.

ARAMAS fills this gap by offering a zero-install, lightweight simulation that runs entirely in the browser. It is specifically tailored for bioinformatics, simulating the behavior of industry-standard tools and providing an integrated gamification engine that rewards progress, increasing student engagement and retention.

📚 Estrutura Educacional (Módulos)

1. Sistemas Operacionais: Navegação, manipulação de arquivos, permissões e administração básica.
2. Manipulação de Dados: Filtros, fluxos de texto, ordenação e automação com xargs.
3. Computação Científica: Ferramentas de Bioinfo, automação de pipelines e computação em cluster (HPC).

🛠️ Tecnologias Utilizadas

• Frontend: React 19 + TypeScript
• Terminal: XTerm.js
• Roteamento: React Router Dom (HashRouter)
• Engine de Build: Vite + Rolldown
• Estilização: Vanilla CSS3 com variáveis dinâmicas

📦 Integração via NPM

O ARAMAS pode ser integrado em outros projetos como um componente React ou através de seus motores lógicos.

Instalação

npm install @labiomics/aramas

Uso como Componente (React)

import { AramasTerminal } from '@labiomics/aramas';
import '@labiomics/aramas/dist/style.css';

function App() {
  return (
    <div style={{ width: '100vw', height: '100vh' }}>
      <AramasTerminal />
    </div>
  );
}

Uso de Motores (Headless)

Você também pode acessar as classes de lógica diretamente:

import { TerminalEngine, VFSManager, QuestManager } from '@labiomics/aramas';

📂 Estrutura do Projeto

.
├── .github/              # Configurações do GitHub (workflows, templates)
├── public/               # Ativos estáticos públicos
├── src/
│   ├── assets/           # Imagens e recursos visuais
│   ├── components/       # Componentes React (Terminal, UI)
│   ├── terminal/
│   │   ├── commands/     # Implementação dos comandos (Bash, Bioinfo, etc)
│   │   ├── engine/       # Lógica central (QuestManager, TerminalEngine)
│   │   └── vfs/          # Virtual File System (Gerenciamento de arquivos)
│   ├── App.tsx           # Componente principal
│   └── main.tsx          # Ponto de entrada
├── index.html            # Template HTML
└── package.json          # Dependências e scripts

⚙️ Desenvolvimento e Instalação Local

Pré-requisitos

• Node.js: v22.22.2 (Recomendado utilizar NVM)
• NPM: v10.x ou superior

Passo a Passo

1. Clonar o repositório:

   git clone https://github.com/LaBiOmicS/aramas.git
   cd aramas

2. Instalar dependências:

   npm install

3. Executar em modo desenvolvimento:

   npm run dev

4. Gerar Build de Produção:

   npm run build

🤝 Contribuição

Contribuições são muito bem-vindas! Se você tem uma ideia de nova missão, novo comando ou encontrou um bug, por favor, leia nosso Guia de Contribuição antes de enviar um Pull Request.

👤 Coordenação e Créditos

O projeto ARAMAS é uma iniciativa acadêmica desenvolvida no âmbito da Bioinformática.

• Coordenador do Projeto: Prof. Dr. Fabiano B. Menegidio
• Laboratório: LaBiOmics - Laboratório de Bioinformática e Ciências Ômicas
• Instituição: Universidade de Mogi das Cruzes (UMC)

📝 Citação

Se você utilizar o ARAMAS em seu trabalho acadêmico ou pedagógico, por favor, cite-o utilizando o DOI do Zenodo:

Menegidio, F. B. (2026). ARAMAS: Ambiente Remoto para o Aprendizado e Manipulação de Arquivos e Sistemas (v1.0.3). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.19768375

📄 Licença

Este projeto está licenciado sob a Licença MIT - consulte o arquivo LICENSE para mais detalhes.

ARAMAS - Dominando o Terminal, Conquistando a Ciência.