Linxira Skills

这是 linxira-skills 的中文概览页。项目正文文档保持英文，便于 发布、审计和跨运行时复用。

English README: README.md

这是什么

Linxira Skills 是一个面向研究、工程和执行工作流的跨运行时技能平台。它不限定 在单一学科、工具链或 Agent 运行时内。 当前仓库用于构建首个 npm 交付包，并保存：

• 一方技能
• 已审阅 profile
• 上游来源轨道
• 安装器与验证脚本
• 第三方来源与修改边界文档

渐进式路由

安装器不会把所有 leaf skill 平铺到 .agents/skills/ 根目录，而是生成三级树：

.agents/skills/
  engineering/                 顶层 router
    native-performance/        二级 index
      <exact-skill>/SKILL.md    三级 leaf

生成的 AGENTS.md 只列出当前 profile 使用的顶层 router。Agent 先读取一个 router，再读取一个匹配的二级 index，最后才读取当前任务所需的具体 leaf。 当前顶层分支为 research、engineering、systems、integrations 和 delivery。

内容结构

• 平台基础能力：软件验证、Linux、SSH、远程计算、浏览器、云和 AI 工作流
• 领域 profile：生命科学等领域的方法、术语和分析工作流
• 报告 profile：文档、图表、网页和演示交付能力
• 连接器：数据库、云服务和需要认证的外部系统契约

science-research-core 将生命科学扩展到化学、物理、作物/植物、生态、动物 生理、生物化学、分子生物学和医学/转化研究设计，同时保持实验执行和临床决策门禁。

Linux 是所有 profile 可复用的执行基础层，不是一个学科包。 biology-research-core 将生物学能力扩展到计算分析之外，连接课题构思、文献 检索与筛选、证据综合、实验设计、统计规划、湿实验治理和论文交付。

当前可安装内容

| Profile | 内容 | | --- | --- | | core | 10 个一方软件、完整性、Linux、传输和计算技能 | | bioinformatics-core | core + 10 个一方生物信息学和 bulk RNA-seq 闭环技能 | | biology-research-core | bioinformatics-core + 19 个一方生物学课题、文献、证据、实验设计、统计、湿实验治理和完整论文交付技能 | | science-research-core | biology-research-core + 化学、物理、作物/植物、生态、动物生理、生物化学/分子生物学和医学/转化研究设计技能 | | research-communication-core | core + 47 个一方论文写作、引用、正文排版、图表、图像边界、文档、LaTeX、学术 PPT、科研绘图生产、AI 生图、图形编辑器与中文科研文档技能（含 vendored 的 Apache-2.0/MIT 适配，见 THIRD_PARTY_NOTICES.md） | | mcp-connectors | 2 个一方 MCP 导航与 OpenDesign 连接器技能；连接器在本地守护进程与 od CLI 未安装前不生效（fail-closed） |

科研绘图、编辑器与中文科研文档技能族已进入 research-communication-core； MCP 连接器两技能另在 mcp-connectors profile。详见 docs/SOURCES.md 与根目录 THIRD_PARTY_NOTICES.md：

• 科研绘图生产：出版级 matplotlib 风格层（scientific-figure-style）与 CS/ML、生物、化学、物理四个学科图式层（discipline-figure-patterns）
• 可编辑论文架构图与 PPTX/海报生成：paper-fig、editable-design、 html-to-pptx（vendored，Apache-2.0）
• Origin/OriginPro 自动出图与反读验证：editaplot（vendored，Apache-2.0， 需本机 Origin 商业授权）
• 中文科研文档工作流：国自然标书分节、SCI 投稿、选刊、文献流程等 27 个技能 （vendored 自 ChineseResearchLaTeX，MIT）
• 零安装浏览器 SVG 图形编辑器（figureforge，vendored，MIT）与文档→可编辑 PPTX 生产套件（ppt-master，vendored，MIT）
• MCP 导航与外部设计工作区连接（mcp-recommendations、open-design； mcp-connectors profile，外部服务未安装时 fail-closed）

另外还定义了若干 reviewed connector profile，例如 AlphaFold DB public， 但它们目前不是单独打包 payload。

学术文档与 PPT 交付将 Arch Linux（包括基于 Arch 的 Linxira、CachyOS）和 Ubuntu 都作为一等运行环境。CI 会分别使用原生 pacman 与 apt 工具链运行 同一套 DOCX、PPTX、XeLaTeX/BibTeX、XeLaTeX/Biber、LibreOffice 和 Poppler 端到端 fixture。

安装

npm install --save-dev @linxiraos/linxira-skills
npx linxira-skills init

init 支持两种物化布局（记录在 .linxira/manifest.json）：

• namespaced（默认，推荐）：router 落在 .agents/skills/linxira-<root>/（如 linxira-delivery/），管理的目录树 不会与同一目录下其他工具的 skills 冲突
• flat：router 落在 .agents/skills/<root>/（如 delivery/），与 v0.1.0 布局一致。用 npx linxira-skills init --layout flat 启用

两种布局都保持五个顶层 router 可被发现，其余内容通过生成的 AGENTS.md 标记块与相对 INDEX.md 链接加载；status、update、uninstall 会跟随 manifest 记录的布局。卸载时会顺带清掉已空的管理目录，不残留空壳。

指定 profile：

npx linxira-skills init --profile core
npx linxira-skills init --profile bioinformatics-core
npx linxira-skills init --profile biology-research-core
npx linxira-skills init --profile science-research-core
npx linxira-skills init --profile research-communication-core

第三方说明

本仓库不会把第三方技能伪装成原创内容。只有满足以下条件的第三方正文才会被纳入 payload：

• 固定 source revision
• 已核实 license
• 已保存所需 notice
• 已明确 payload 边界

宽松许可（Apache-2.0、MIT）的上游技能可直接 vendored 进 skills/：每个目录 保留上游许可文本，在 VENDORED.md 固定上游 commit，并补齐一方审计所需的 frontmatter 元数据。目前尚无 installable profile 引用它们，因此在 profile 审阅放行之前，打包 payload 仍然不包含第三方正文。

科研绘图技能族（scientific-figure-style、discipline-figure-patterns、 ai-figure-prompting）为本仓库原创作品，不登记为第三方材料。

当前公开 payload 不包含第三方技能正文：

• bioinformatics-core 使用基于固定 MIT bioSkills revision 的一方适配技能， 每个技能都记录来源路径和具体修正
• 原 life-sciences-core 与 html-reporting-core 保留为审阅记录，但暂停打包
• 带外部示例引用的 html-anything 模板仍然只是 source-only
• awesome-bio-agent-skills 仍是研究索引源，不进入公开 payload

具体规则见：docs/THIRD_PARTY.md

验证状态

当前发布草案已完成本地验证：

• 一方技能元数据审计
• profile 生命周期测试
• Profile 路由链接完整性测试
• 打包 tarball 安装烟测
• 拒绝开发树和上游来源进入 tarball 的包内容检查

引用

如果别人使用本仓库或其中某个适配后的科学技能来撰写论文、流程说明、基准或 二次技能库，应该引用仓库版本和具体技能路径。统一格式见 docs/SKILL_CITATION_POLICY.md 以及根目录 的 CITATION.cff。

• GitHub Actions 已配置 Ubuntu / Windows / macOS 与 Node 20 / 22 / 24 矩阵
• Debian 12 / Fedora 42 / Arch Linux 容器任务保留为发布门禁

Arch Linux WSL 路径也做过一轮本地 smoke 验证，用于补充 Linux 侧信心。 CachyOS 的用户态兼容性由 Arch job 覆盖；内核、调度器、DKMS、NVIDIA 驱动和 具体硬件行为仍需要真实 CachyOS 主机或 self-hosted runner，不能由容器代替。