📢 Şurada öne çıktı: awesome-claude-skills (5.7k ⭐)

Dil: English · Türkçe

📋 İçindekiler

• 🚀 Sürüm 2.2.0'da Yenilikler
• 🎯 Bu Proje Nedir?
• ✨ Öne Çıkan Özellikler
• 🆕 Sürüm 2.0'da Yenilikler
• 🗂️ Alan Genel Bakışı
• 🚀 Hızlı Başlangıç
• ⚡ Çekirdek Hat — 9 Beceri
• 📚 210 Becerinin Tamamı
• 🏗️ Proje Yapısı
• ⚙️ Beceriler Nasıl Çalışır?
• 💡 Kullanım Örnekleri
• 📖 Bu Depoyu Atıfla
• 🤝 Katkıda Bulunma
• 📜 Lisans
• 🙏 Teşekkürler

🚀 Sürüm 2.2.0'da Yenilikler

• 🧠 191 becerinin araştırma-temelli yükseltilmesi — önceden var olan tüm becerilerde doğruluk ve derinlik geçişi: düzeltilmiş mevzuat/API ayrıntıları, references/ içine inceltilen gövdeler ve sürüm artışları.

• 🧩 Yeni çekirdek beceri: İş Akışı Orkestrasyonu (alterlab-workflow-orchestration) — AlterLab becerilerini çok-ajanlı iş akışlarına dönüştürür; koleksiyon 210 beceriye yükseldi. → Çekirdek Hat

• 🇹🇷 Türk Akademisi amiral suiti (12 beceri) — herhangi bir beceri kütüphanesindeki en kapsamlı Türk-akademi suiti: DergiPark, TR Dizin, YÖK Tez, YÖK Akademik, YÖKATLAS, TÜBİTAK 1001/1002-A önerileri, doçentlik uygunluğu, akademik teşvik puanlama, Türkçe APA-7 üslubu, etik kurul başvuruları, KVKK veri yönetim planları ve TÜBİTAK Aperta — her biri doğrulanmış bir ulusal-platform uç noktasına bağlı. → Türk Akademisi

• 🎓 Fakülte Yaşamı (6 beceri) — müfredat yapay zeka politikası, ödül-sonrası hibe raporlama, tavsiye mektupları, AACSB/ABET akreditasyonu (AoL), REDCap/CDISC veri toplama ve ön baskı deposu. → Fakülte Yaşamı

• 🧪 Metodoloji (3 beceri) — araştırma yöntemlerine uygulanan superpowers tarzı titizlik (Demir Kurallar, Bahane-Gerçek tabloları): ön kayıt disiplini, istatistiksel-test seçim koruması ve sonuç-raporlama şeffaflığı. → Metodoloji

• 🧬 Biyoinformatik 25 → 30'a çıktı — üretim hatları: nf-core/sarek varyant çağırma, QIIME 2 amplikon, salmon/kallisto RNA-seq nicelleme, NCBI BLAST+ ve Squidpy uzamsal transkriptomik. → Biyoinformatik

• ✅ 26 yeni becerinin tamamında ilk günden eval — kapsam 210 / 210 olarak kalır; şema + kapsam denetimi her PR'da CI'da çalışır, davranışsal eval geçişi ise istek üzerine (workflow_dispatch) yürütülür. → docs/evals.md

🎯 Bu Proje Nedir?

Fakülte üyeleri, akademisyenler ve araştırmacılar için tasarlanmış, özel amaçlı 210 Claude AI becerisinden oluşan kapsamlı bir paket — akademik araştırma yaşam döngüsünün tamamını kapsayacak şekilde 16 alan kategorisine ayrılmıştır.

Her beceri, Claude'u akademik araştırma, bilimsel hesaplama ve akademik yayıncılık iş akışlarına göre uyarlanmış alana özgü bir uzman asistana dönüştürür.

[!TIP] Nasıl çalışır: Her beceri yapılandırılmış bir SKILL.md dosyasıdır. Koleksiyonu bir Claude Code eklentisi olarak kurun ya da bir beceri dizinini ~/.claude/skills/ (veya bir projenin .claude/skills/) dizinine kopyalayın — Claude böylece gerçek bilimsel çerçeveler, profesyonel çıktı şablonları ve derin alan bilgisiyle donanmış araştırma uzmanınız olur. Başıboş bir .md dosyası otomatik olarak yüklenmez.

✨ Öne Çıkan Özellikler

| | Özellik | Açıklama | |:---:|:---|:---| | 🔬 | Araştırmaya Hazır | Çalışan araştırmacıların kullandığı gerçek bilimsel yöntemler, veritabanları ve profesyonel çerçeveler üzerine kurulu beceriler | | 🤖 | Çok-Ajanlı Hatlar | Çekirdek beceriler zincirlenir: Araştır → Yaz → Değerlendir → Yayınla, kesintisiz bir iş akışında | | 📊 | 39 Veritabanı Entegrasyon Becerisi | PubMed, ChEMBL, UniProt, ClinicalTrials.gov, COSMIC ve daha fazlasına anında erişim | | 🧬 | Derin Alan Kapsamı | Tek hücre RNA-seq analizinden kuantum hesaplamaya, klinik denemelerden dijital beşeri bilimlere | | 📝 | Yayın Kalitesinde Çıktı | LaTeX makaleler, konferans posterleri, hibe önerileri, bilimsel görselleştirmeler — tümü profesyonel standartlarda biçimlendirilmiş | | 🔄 | Karıştır & Eşleştir | Tek bir Claude Projesi içinde birden çok beceriyi birleştirerek çok-uzmanlı bir araştırma ekibi kurun |

🆕 Sürüm 2.0'da Yenilikler

Sürüm 2.0, koleksiyonu bir beceri listesinden denetlenmiş, doğrulanmış ve birlikte çalışabilir bir araştırma araç takımına dönüştürür.

| | Özellik | Açıklama | |:---:|:---|:---| | ✅ | Davranışsal Eval Kapsamı | 210 becerinin tamamı (%100) Anthropic'in tetikleme/tetiklememe biçimini izleyen evals/evals.json dosyalarıyla gelir; scripts/run_evals.py ile çalıştırılır | | 🔎 | Atıf Doğrulayıcı | Yeni alterlab-citation-verifier becerisi, bir kaynakçadaki her girdinin gerçekten var olduğunu dört anahtarsız bilimsel API (Crossref, OpenAlex, Semantic Scholar, arXiv) üzerinden çapraz kontrol ederek doğrular | | 📦 | Alan Paketleri (Domain Packs) | Tüm alanlar, bağımsız olarak kurulabilen Claude Code eklentileri olarak paketlenir — yalnızca ihtiyacınız olanı kurun, tüm depoyu değil | | 🔌 | MCP Öncelikli Veri | Beceriler, ilgili MCP araçları (PubMed, Scholar Gateway, Clinical Trials, Hugging Face) mevcut olduğunda eğitim verisi yerine canlı veriyi tercih eder ve kaynağı + erişim tarihini gösterir | | ⌨️ | Slash Komutları | Çekirdek iş akışları için doğrudan komutlar: /research-pipeline, /lit-review, /review-paper, /cite-check | | 🔁 | Genişletilmiş Çekirdek Hat | Çekirdek hat artık 9 beceri içeriyor — atıf doğrulama ve bağlantı sağlığı denetimi de dahil olmak üzere bütünlük araçları eklendi |

[!NOTE] Eval kapsamı artık tüm koleksiyonu kapsar (210 / 210). Tam değişiklik geçmişi için CHANGELOG.md dosyasına bakın.

🚀 v2.0'deki ek yenilikler

Yukarıdaki tabloyu tamamlayan, v2.0 ile gelen başlıca sayfa eklentileri:

| | Yenilik | Ayrıntı | |:---:|:---|:---| | 🌐 | Canlı Katalog | 210 becerinin tamamı, gözatılabilir bir web kataloğunda yayımlanır: alterlab-ieu.github.io/AlterLab-Academic-Skills — kurulum yapmadan tüm koleksiyonu inceleyin | | 🤖 | Kayıtlı Alt-Ajanlar | Çekirdek hat, core eklentisiyle birlikte kaydedilen özelleşmiş alt-ajanlar olarak gelir; eğik çizgi komutları (/research-pipeline, /lit-review, /review-paper, /cite-check) ve birlikte paketlenen akademik MCP (PubMed / OpenAlex / Crossref / Zotero) ile sürülür | | 🗂️ | Üretilen Katalog | Makine okunabilir skills.json, beceri frontmatter'ından otomatik üretilir; bir CI kapısı bu README'deki her sayımı doğrular ve dürüst tutar | | 📜 | Dürüst Köken | Bu depo, MIT lisanslı K-Dense scientific-agent-skills projesinden içerik çatallamasıdır; köken THIRD_PARTY_NOTICES.md, PROVENANCE.md ve CITATION.cff dosyalarında açıkça belgelenir |

[!TIP] Kataloğa göz atın: Becerileri kurmadan önce tarayıcınızdan keşfedin — alana göre filtreleyin, açıklamaları okuyun ve hangi becerinin ne zaman tetiklendiğini görün: alterlab-ieu.github.io/AlterLab-Academic-Skills

🗂️ Alan Genel Bakışı

| | Alan | Beceri | Odak Alanları | |:---:|:---|:---:|:---| | 🔄 | Çekirdek Hat | 9 | Çok-ajanlı araştır → yaz → değerlendir → yayınla hattı + öğretim + tez + bütünlük araçları + iş akışı orkestrasyonu | | 🗄️ | Veritabanları | 39 | Bilimsel veritabanı bağlayıcıları — PubMed, ChEMBL, UniProt, ClinicalTrials.gov, COSMIC ve daha fazlası | | 🧬 | Biyoinformatik | 30 | Genomik, proteomik, moleküler biyoloji — Scanpy, BioPython, ESM, tek hücre analizi, nf-core/sarek, QIIME 2, RNA-seq nicelleme | | ⚗️ | Kemoinformatik | 12 | Kimya ve ilaç keşfi — RDKit, moleküler dinamik, docking, ADMET | | 🏥 | Klinik Araştırma | 7 | Klinik karar desteği, tedavi planlaması, tıbbi görüntüleme, regülasyon | | 📊 | Veri Bilimi | 22 | ML/istatistik — scikit-learn, PyTorch Lightning, SHAP, transformerlar | | 📈 | Görselleştirme | 8 | Bilimsel grafik — Matplotlib, Seaborn, Plotly, şematikler, infografikler | | ✍️ | Akademik Yazım | 13 | Bilimsel yazım, atıflar, hibeler, posterler, akademik kariyer | | 🔧 | Laboratuvar Entegrasyonları | 9 | Laboratuvar platformları — Benchling, DNAnexus, Opentrons, Protocols.io | | 🌍 | Alan-Spesifik | 17 | Kuantum hesaplama, jeo-uzamsal, malzeme bilimi, sosyal bilim yöntemleri, dijital beşeri bilimler | | 📄 | Doküman Araçları | 2 | Markdown ve belge dönüştürme — MarkItDown, Open Notebook | | 🔍 | Araştırma Araçları | 14 | Arama, keşif, Zotero, nitel yöntemler, etik, anketler, açık bilim, atıf grafiği | | 💰 | Finans & Ekonomi | 7 | FRED, Alpha Vantage, SEC EDGAR, piyasa araştırması | | 🇹🇷 | Türk Akademisi | 12 | Ulusal platformlar & akademik iş akışı — DergiPark, TR Dizin, YÖK Tez/Akademik, YÖKATLAS, TÜBİTAK önerileri, doçentlik, teşvik, KVKK, Aperta | | 🎓 | Fakülte Yaşamı | 6 | Öğretim, hizmet & akademik kariyer — müfredat YZ politikası, hibe raporlama, tavsiye mektupları, akreditasyon, REDCap/CDISC, ön baskılar | | 🧪 | Metodoloji | 3 | Araştırma-titizliği disiplin kapıları — ön kayıt, test-seçim koruması, sonuç-raporlama şeffaflığı |

🚀 Hızlı Başlangıç

🌍 Seçenek 1 — Agent Skills (açık standart) (Önerilen)

npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills

Bunlar agentskills.io açık standardını izleyen taşınabilir Agent Skills becerileridir — yalnızca Claude'da değil, Cursor, Codex, Gemini CLI ve Copilot ile de çalışırlar.

[!NOTE] Standart: Agent Skills. Bu koleksiyon açık Agent Skills standardına uygundur. Şartname ve destekleyen ajanların listesi için agentskills.io adresine bakın.

⚡ Seçenek 2 — Claude Code Eklentisi

Pazarı bir kez ekleyin, ardından yalnızca ihtiyacınız olan alanları kurun:

/plugin marketplace add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills
# SSH anahtarınız yok mu? HTTPS pazar yolunu kullanın:
/plugin marketplace add https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills.git
/plugin install alterlab-bioinformatics@alterlab-academic-skills
/reload-plugins

Bir klon üzerinde yerel geliştirme için Claude Code'u doğrudan dizine yönlendirin:

claude --plugin-dir /path/to/AlterLab-Academic-Skills

Mevcut alan eklentileri: alterlab-core, alterlab-databases, alterlab-bioinformatics, alterlab-cheminformatics, alterlab-clinical-research, alterlab-data-science, alterlab-visualization, alterlab-writing-tools, alterlab-lab-integrations, alterlab-domain-specific, alterlab-document-tools, alterlab-research-tools, alterlab-finance-economics, alterlab-turkish-academia, alterlab-faculty-life, alterlab-methodology.

📁 Seçenek 3 — Kişisel veya Proje Kurulumu (elle)

git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills.git
# Kişisel — her projede kullanılabilir:
cp -R AlterLab-Academic-Skills/skills/bioinformatics/alterlab-scanpy ~/.claude/skills/
# Proje kapsamlı — yalnızca mevcut depoda:
cp -R AlterLab-Academic-Skills/skills/bioinformatics/alterlab-scanpy .claude/skills/

Ardından Claude Code'u yeniden başlatın. Bir beceri ~/.claude/skills/<ad>/SKILL.md veya .claude/skills/<ad>/SKILL.md yolunda bulunmalıdır — yalnızca git clone yapmak hiçbir şeyi kaydetmez.

🌐 Seçenek 4 — Claude.ai

Bir beceri dizinini sıkıştırıp Ayarlar → Yetenekler altından yükleyin (kod yürütme içeren bir plan gerektirir). Beceriler claude.ai ile Claude Code arasında senkronize olmaz.

⚡ Çekirdek Hat — 9 Beceri

Sistemin kalbi — 39 özelleşmiş ajanlı, araştırmadan yayına çok-ajanlı bir üretim hattı; ayrıca öğretim, tez danışmanlığı ve bütünlük doğrulama araçları.

| # | Beceri | Ajan | Ne Yapar | |:---:|:---|:---:|:---| | 1 | 🔬 Derin Araştırma | 13 | Sistematik inceleme, Sokratik diyalog ve kaynak doğrulama ile çok-modlu araştırma | | 2 | 📝 Makale Yazarı | 12 | LaTeX, çift-dilli destek ve 9 yazım moduyla akademik makale üretimi | | 3 | 🔍 Makale Hakemi | 7 | Şeytanın Avukatı dahil çoklu-perspektif hakemlik, 0–100 kalite rubrikleri | | 4 | 🔄 Araştırma Hattı | 7 | Bütünlük doğrulaması ve materyal pasaportları içeren 10 aşamalı orkestratör | | 5 | 🎓 Öğretim Tasarımı | — | Ders tasarımı, müfredat, rubrikler, Bloom taksonomisi, geriye dönük tasarım | | 6 | 📋 Tez Danışmanı | — | Tez rehberliği, savunma hazırlığı, jüri yönetimi | | 7 | 🔎 Atıf Doğrulayıcı | — | Kaynakçadaki her girdiyi dört anahtarsız bilimsel API üzerinden doğrular | | 8 | 🔗 Bağlantı Sağlığı | — | Depo genelinde bağlantı sağlığı denetimi meta-becerisi | | 9 | 🧩 İş Akışı Orkestrasyonu | — | AlterLab becerilerini çok-ajanlı iş akışlarına dönüştürür: paralel alt-ajan dağıtımı, hatlar, jüri panelleri, çekişmeli doğrulama |

Tam Hat Akışı

derin-araştırma (sokratik/tam)
  → makale-yazarı (plan/tam)
    → makale-hakemi (tam/rehberli)
      → makale-yazarı (revizyon)
        → makale-hakemi (yeniden hakemlik, en fazla 2 döngü)
          → atıf-doğrulayıcı (kaynakça bütünlük kontrolü)
            → makale-yazarı (format dönüşümü → nihai çıktı)

📚 210 Becerinin Tamamı

🗄️ Veritabanları — Bilimsel Veritabanı Bağlayıcıları (39 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | AlphaFold DB | AlphaFold'dan protein yapısı tahminleri | | 2 | arXiv | Ön baskı arama ve keşfi | | 3 | BindingDB | İlaç-hedef etkileşimleri için bağlanma afinitesi verileri | | 4 | bioRxiv | Biyoloji ön baskı arama ve izleme | | 5 | BRENDA | Enzim işlevsel verileri | | 6 | cBioPortal | Kanser genomiği veri keşfi | | 7 | ChEMBL | İlaç benzeri özelliklere sahip biyoaktif moleküller | | 8 | ClinicalTrials.gov | Klinik deneme kayıt aramaları | | 9 | ClinPGx | Klinik farmakogenomik verileri | | 10 | ClinVar | Genomik varyasyon ve insan sağlığı | | 11 | COSMIC | Kanserdeki somatik mutasyonlar kataloğu | | 12 | Data Commons | Google'ın açık bilgi grafiği | | 13 | DepMap | Kanser bağımlılığı haritalaması | | 14 | DrugBank | İlaç ve ilaç hedefi bilgileri | | 15 | ENA | Avrupa Nükleotid Arşivi | | 16 | Ensembl | Genom anotasyonu ve varyasyon | | 17 | FDA | FDA ilaç ve cihaz verileri | | 18 | Gene DB | Gen düzeyinde veri toplama | | 19 | GEO | Gene Expression Omnibus veri kümeleri | | 20 | gnomAD | Genom toplama ve varyant sıklığı | | 21 | GTEx | Dokuya özgü gen ifadesi | | 22 | GWAS Catalog | Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları | | 23 | HMDB | İnsan Metabolom Veritabanı | | 24 | Imaging Data Commons | Kanser görüntüleme verileri | | 25 | InterPro | Protein aileleri ve domainleri | | 26 | JASPAR | Transkripsiyon faktörü bağlanma profilleri | | 27 | KEGG | Biyolojik yolaklar ve ağlar | | 28 | Metabolomics Workbench | Metabolomik veri deposu | | 29 | Monarch Initiative | Hastalık-gen ilişkilendirmeleri | | 30 | OpenAlex | Açık bilimsel üst veri | | 31 | Open Targets | İlaç hedefi tanımlama | | 32 | PDB | Protein 3B yapı veritabanı | | 33 | PubChem | Kimyasal bilgi veritabanı | | 34 | PubMed | Biyomedikal literatür araması | | 35 | Reactome | Biyolojik yolak veritabanı | | 36 | STRING | Protein-protein etkileşim ağları | | 37 | UniProt | Protein dizisi ve işlevi | | 38 | USPTO | Patent arama ve analizi | | 39 | ZINC | Docking için ticari olarak erişilebilir bileşikler |

🧬 Biyoinformatik — Genomik, Proteomik ve Moleküler Biyoloji (30 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | AnnData | Tek hücre için anotasyonlu veri matrisleri | | 2 | Arboreto | Gen düzenleyici ağ çıkarımı | | 3 | BioPython | Genel amaçlı biyoinformatik araç takımı | | 4 | BioServices | Biyolojik web servislerine programatik erişim | | 5 | CellxGene | Etkileşimli tek hücre veri keşfi | | 6 | COBRApy | Kısıt tabanlı metabolik modelleme | | 7 | deepTools | NGS veri analizi ve görselleştirme | | 8 | ESM | Protein dil modelleri | | 9 | ETE Toolkit | Filogenetik ağaç analizi ve görselleştirme | | 10 | FlowIO | Akış sitometrisi veri işleme | | 11 | gget | Python'dan genomik veritabanı sorgulama | | 12 | Glycoengineering | Glikan analizi ve mühendisliği | | 13 | HistoLab | Hesaplamalı histopatoloji | | 14 | LaminDB | Veri soyu ve biyolojik veri yönetimi | | 15 | Neuropixels | Sinirsel prob veri işleme | | 16 | PathML | Patoloji için makine öğrenmesi | | 17 | Phylogenetics | Evrimsel ağaç oluşturma | | 18 | PyDESeq2 | Diferansiyel gen ifadesi analizi | | 19 | pyOpenMS | Kütle spektrometrisi veri analizi | | 20 | pysam | SAM/BAM dosya işleme | | 21 | Scanpy | Python'da tek hücre analizi | | 22 | scikit-bio | Biyoinformatik algoritmaları ve veri yapıları | | 23 | scVelo | RNA velositesi analizi | | 24 | scvi-tools | Tek hücre için derin üretken modeller | | 25 | TileDB-VCF | Popülasyon ölçekli genomik varyant depolama | | 26 | BLAST | NCBI BLAST+ komut satırı dizi benzerliği aramaları | | 27 | nf-core/sarek | FASTQ'dan VCF'ye germline & somatik varyant çağırma hattı | | 28 | QIIME 2 Amplikon | 16S/ITS mikrobiyom amplikon analizi | | 29 | RNA-seq Nicelleme | salmon & kallisto ile transkript bolluğu | | 30 | Squidpy Uzamsal | AnnData/SpatialData üzerinde uzamsal transkriptomik |

⚗️ Kemoinformatik — Kimya ve İlaç Keşfi (12 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Datamol | Moleküler veri işleme | | 2 | DeepChem | Kimya için derin öğrenme | | 3 | DiffDock | Difüzyon tabanlı moleküler docking | | 4 | matchms | Kütle spektrumu eşleştirme ve benzerlik | | 5 | MedChem | Tıbbi kimya analizi | | 6 | Molecular Dynamics | MD simülasyon kurulumu ve analizi | | 7 | MolFeat | Moleküler özellik çıkarımı | | 8 | PrimeKG | Hassas tıp bilgi grafiği | | 9 | PyTDC | Therapeutics Data Commons erişimi | | 10 | RDKit | Çekirdek kemoinformatik araç takımı | | 11 | Rowan | Hesaplamalı kimya iş akışları | | 12 | TorchDrug | İlaç keşfi için grafik sinir ağları |

🏥 Klinik Araştırma — Klinik Karar Desteği ve Tıbbi Araçlar (7 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Clinical Decision | Kanıta dayalı klinik karar desteği | | 2 | Clinical Reports | Yapılandırılmış klinik rapor üretimi | | 3 | ISO 13485 | Tıbbi cihaz kalite yönetimi | | 4 | NeuroKit2 | Nörofizyolojik sinyal işleme | | 5 | PyDicom | DICOM tıbbi görüntü işleme | | 6 | PyHealth | Sağlık hizmetleri ML hatları | | 7 | Treatment Plans | Tedavi planlaması ve protokol tasarımı |

📊 Veri Bilimi — ML, İstatistik ve Veri Analizi (22 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Dask | Paralel hesaplama ve bellek dışı veri | | 2 | EDA | Keşifsel veri analizi | | 3 | NetworkX | Ağ/grafik analizi | | 4 | Polars | Yüksek performanslı DataFrame'ler | | 5 | PufferLib | Pekiştirmeli öğrenme ortamları | | 6 | PyMC | Bayes istatistiksel modelleme | | 7 | pymoo | Çok-amaçlı optimizasyon | | 8 | PyTorch Lightning | Yapılandırılmış derin öğrenme eğitimi | | 9 | scikit-learn | Klasik makine öğrenmesi | | 10 | scikit-survival | Sağkalım analizi | | 11 | SHAP | Model yorumlanabilirliği ve özellik önemi | | 12 | SimPy | Ayrık olay simülasyonu | | 13 | Stable-Baselines3 | Pekiştirmeli öğrenme algoritmaları | | 14 | Statistical Analysis | Klasik istatistiksel testler ve yöntemler | | 15 | statsmodels | İstatistiksel modeller ve ekonometri | | 16 | SymPy | Sembolik matematik | | 17 | TimesFM | Zaman serileri için temel model | | 18 | PyTorch Geometric | Grafik sinir ağları | | 19 | Transformers | Hugging Face transformer modelleri | | 20 | UMAP | Boyut indirgeme | | 21 | Vaex | Büyük veri için bellek dışı DataFrame'ler | | 22 | Zarr | Parçalanmış, sıkıştırılmış N-boyutlu diziler |

📈 Görselleştirme — Bilimsel Grafik ve Çizim (8 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Generate Image | Araştırma figürleri için yapay zeka görsel üretimi | | 2 | Infographics | Araştırma infografiği tasarımı | | 3 | Matplotlib | Yayın kalitesinde 2B grafikler | | 4 | Mermaid | Kod olarak diyagramlar ve akış şemaları | | 5 | Plotly | Etkileşimli bilimsel görselleştirmeler | | 6 | Scientific Schematics | Teknik diyagramlar ve şematikler | | 7 | Scientific Viz | Gelişmiş bilimsel görselleştirme | | 8 | Seaborn | İstatistiksel veri görselleştirme |

✍️ Akademik Yazım — Bilimsel Yazım, Atıflar ve Yayıncılık (13 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Academic Career | Akademik CV, araştırma beyanları, kadro dosyası | | 2 | Citation Management | Kaynak biçimlendirme ve yönetimi | | 3 | Hypothesis Generator | Araştırma hipotezi geliştirme | | 4 | LaTeX Posters | LaTeX'te konferans posteri tasarımı | | 5 | Literature Review | Sistematik literatür taraması desteği | | 6 | Paper-to-Web | Makaleleri web dostu biçimlere dönüştürme | | 7 | Peer Review | Hakemlik yazımı desteği | | 8 | PPTX Posters | PowerPoint'te konferans posterleri | | 9 | Research Grants | Hibe önerisi yazımı | | 10 | Scholar Eval | Akademik çıktı değerlendirmesi | | 11 | Scientific Slides | Araştırma sunumu oluşturma | | 12 | Scientific Writing | Akademik yazım üslubu ve yapısı | | 13 | Venue Templates | Dergi/konferans biçimlendirme şablonları |

🔧 Laboratuvar Entegrasyonları — Laboratuvar Platformu Bağlayıcıları (9 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Benchling | Moleküler biyoloji veri platformu | | 2 | DNAnexus | Genomik veri analiz platformu | | 3 | Ginkgo Cloud | Sentetik biyoloji platformu | | 4 | LabArchive | Elektronik laboratuvar defteri | | 5 | LatchBio | Biyoinformatik iş akışı platformu | | 6 | OMERO | Biyolojik görüntü yönetimi | | 7 | Opentrons | Laboratuvar otomasyonu ve robotik | | 8 | Protocols.io | Protokol paylaşımı ve yönetimi | | 9 | PyLabRobot | Laboratuvar robotiği programlama |

🌍 Alan-Spesifik — Kuantum, Jeo-uzamsal, Malzeme, Sosyal Bilim ve Daha Fazlası (17 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Adaptyv | Uyarlanabilir deneysel tasarım | | 2 | Aeon | Zaman serisi sınıflandırması | | 3 | AstroPy | Astronomi ve astrofizik | | 4 | Cirq | Kuantum devre tasarımı (Google) | | 5 | FluidSim | Akışkan dinamiği simülasyonu | | 6 | GeniML | Genomik aralık ML | | 7 | GeoMaster | Jeo-uzamsal analiz uzmanlığı | | 8 | GeoPandas | Jeo-uzamsal veri analizi | | 9 | GTARS | Anotasyon için genomik araç | | 10 | HypoGenic | Veriden hipotez üretimi | | 11 | Modal | Araştırma için bulut hesaplama | | 12 | PennyLane | Kuantum makine öğrenmesi | | 13 | Pymatgen | Malzeme bilimi analizi | | 14 | Qiskit | Kuantum hesaplama (IBM) | | 15 | QuTiP | Kuantum dinamiği simülasyonu | | 16 | Social Science Methods | Söylem analizi, QCA, Delphi, süreç izleme | | 17 | Digital Humanities | Metin madenciliği, korpus dilbilimi, biçembilim, OCR |

📄 Doküman Araçları — Markdown ve Belge Dönüştürme (2 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | MarkItDown | Belgeleri Markdown'a dönüştürme | | 2 | Open Notebook | Açık biçimli araştırma defterleri |

🔍 Araştırma Araçları — Arama, Keşif, Yöntemler ve Kaynak Yönetimi (14 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | BGPT Search | Yapay zeka destekli araştırma araması | | 2 | Citation Graph | OpenAlex ile atıf ve eş-atıf grafiği (ResearchRabbit benzeri) | | 3 | Mixed Methods | Karma yöntem araştırma tasarımı ve entegrasyonu | | 4 | Open Science | Ön kayıt, FAIR veri, açık erişim yayıncılık | | 5 | Parallel Web | Çok-kaynaklı paralel web araması | | 6 | PDF Extract | N adet PDF'ten makale başına kanıt tablosu (Elicit benzeri) | | 7 | Perplexity | Perplexity destekli araştırma sorguları | | 8 | PyZotero | Zotero kaynak yöneticisi entegrasyonu | | 9 | Qualitative Methods | Tematik analiz, gömülü teori, IPA, kodlama | | 10 | Research Ethics | IRB başvuruları, bilgilendirilmiş onam, GDPR | | 11 | Research Lookup | Hızlı araştırma makalesi keşfi | | 12 | Scientific Brainstorm | Yapılandırılmış araştırma fikir üretimi | | 13 | Scientific Thinking | Eleştirel bilimsel akıl yürütme çerçeveleri | | 14 | Survey Design | Anket oluşturma ve doğrulama |

💰 Finans & Ekonomi — Finansal Veri ve Analiz (7 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Alpha Vantage | Hisse senedi ve finansal piyasa verileri | | 2 | Denario | Finansal veri işleme | | 3 | EDGAR Tools | SEC dosyalama arama ve analizi | | 4 | FRED | Federal Rezerv ekonomik verileri | | 5 | Hedge Fund Monitor | Hedge fon izleme ve analizi | | 6 | Market Research | Piyasa analizi ve istihbaratı | | 7 | US Fiscal Data | ABD hükümeti mali verileri |

🇹🇷 Türk Akademisi — Ulusal Platformlar & Akademik İş Akışı (12 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | DergiPark | DergiPark'tan OAI-PMH ile üst veri, öz ve PDF hasadı | | 2 | TR Dizin | TR Dizin araması & bir derginin ulusal-indeks durumunu doğrulama | | 3 | YÖK Tez | Literatür taraması & özgünlük kontrolü için ulusal tez arşivi araması | | 4 | YÖK Akademik | Bir akademisyenin YÖKSİS profili, unvanı & kurumunu sorgulama | | 5 | YÖKATLAS | Yükseköğretim program & yerleştirme istatistikleri (kontenjan, taban puan) | | 6 | TÜBİTAK Önerisi | TÜBİTAK 1001/1002-A ulusal araştırma önerileri iskelesi | | 7 | Doçentlik Uygunluğu | Bir yayın listesini ÜAK doçentlik kriterlerine göre puanlama | | 8 | Akademik Teşvik | Yıllık akademik teşvik puanını hesaplama | | 9 | TR Akademik Üslup | Türk dergisi & TR Dizin biçimlendirmesi + Türkçe APA-7 | | 10 | TR Araştırma Etiği | Türk etik kurul başvuruları & onam formu yönlendirmesi | | 11 | KVKK VYP | Türk araştırmaları için KVKK uyumlu veri yönetim planları | | 12 | Aperta | TÜBİTAK açık bilim uyumu & Aperta'ya deposit |

🎓 Fakülte Yaşamı — Öğretim, Hizmet & Akademik Kariyer (6 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Müfredat YZ Politikası | Ders düzeyinde üretken-YZ kullanım politikaları & müfredat ifadeleri | | 2 | Hibe Raporlama | Ödül-sonrası raporlar — NIH RPPR, NSF, Horizon Europe / ERC | | 3 | Tavsiye Mektupları | Kanıta dayalı referans & tavsiye mektupları | | 4 | Akreditasyon (AoL) | AACSB / ABET öğrenme-güvencesi dokümantasyonu | | 5 | REDCap / CDISC | CDISC standartlarına eşlenmiş doğrulanmış veri-toplama araçları | | 6 | Ön Baskı Deposu | arXiv, bioRxiv, medRxiv, SSRN, OSF'ye ön baskı deposit |

🧪 Metodoloji — Araştırma Titizliği & Disiplin Kapıları (3 Beceri)

| # | Beceri | Ne Yapar | |:---:|:---|:---| | 1 | Ön Kayıt Disiplini | Donmuş, ön-kayıtlı bir plan olmadan analiz yok | | 2 | Test-Seçim Koruması | p-değerini gördükten sonra istatistiksel test seçilemez | | 3 | Sonuç Şeffaflığı | Çalıştırılan her analizi raporlamadan sonuç iddiası yok |

🏗️ Proje Yapısı

AlterLab-Academic-Skills/
├── 📁 skills/
│   ├── 🔄 core/                # 8 hat + öğretim + tez + bütünlük becerisi
│   ├── 🗄️ databases/           # 39 veritabanı bağlayıcısı
│   ├── 🧬 bioinformatics/      # 30 biyo/genomik araç
│   ├── ⚗️ cheminformatics/     # 12 kimya/ilaç keşfi
│   ├── 🏥 clinical-research/   # 7 klinik/tıbbi araç
│   ├── 📊 data-science/        # 22 ML/istatistik aracı
│   ├── 📈 visualization/       # 8 grafik/çizim aracı
│   ├── ✍️ writing-tools/       # 13 bilimsel yazım & kariyer aracı
│   ├── 🔧 lab-integrations/    # 9 laboratuvar platformu bağlayıcısı
│   ├── 🌍 domain-specific/     # 17 özelleşmiş alan aracı
│   ├── 📄 document-tools/      # 2 dosya biçimi aracı
│   ├── 🔍 research-tools/      # 14 arama, yöntem & etik aracı
│   ├── 💰 finance-economics/   # 7 finansal/ekonomik araç
│   ├── 🇹🇷 turkish-academia/    # 12 Türk ulusal-platform & iş akışı becerisi
│   ├── 🎓 faculty-life/        # 6 öğretim, hizmet & kariyer becerisi
│   └── 🧪 methodology/         # 3 araştırma-titizliği disiplin kapısı
├── 📁 scripts/
│   ├── audit_skills.py         # SKILL.md şema denetleyicisi
│   ├── gen_catalog.py          # skills.json katalog üreteci
│   └── run_evals.py            # Davranışsal eval koşturucusu
├── 📄 skills.json              # Makine okunabilir beceri kataloğu
├── 📄 README.md                # İngilizce README
├── 📄 CLAUDE.md                # Proje yönergeleri
├── 📄 CONTRIBUTING.md          # Katkı kılavuzu
└── 📄 LICENSE                  # MIT Lisansı

Her beceri dizini şu yapıdadır:

alterlab-{ad}/
├── SKILL.md           # Frontmatter + ana yönergeler (≤500 satır)
├── evals/             # Davranışsal eval'ler (evals.json)
└── references/        # Detaylı doküman parçaları (gerektiğinde yüklenir)

⚙️ Beceriler Nasıl Çalışır?

Her SKILL.md beceri dosyası tutarlı bir yapı izler:

| name          | description                         |
|---------------|-------------------------------------|
| skill-name    | Bu beceri ne zaman etkinleşir...    |

# Beceri Başlığı

Sen **RolAdı**'sın, [rol açıklaması]...

## Kimliğin & Hafızan
## Temel Görevin
## Çerçeveler & Yöntemler
## Çıktı Şablonları
## Kalite Standartları

Beceriler kademeli olarak yüklenir:

1. Tetikleyici — Beceri açıklamasındaki anahtar kelimeler, Claude'un beceriyi etkinleştirip etkinleştirmeyeceğini belirler.
2. Yükleme — Etkinleştiğinde, Claude SKILL.md gövdesini bağlama yükler.
3. Referanslar — Görev gerektirdikçe, references/*.md dosyaları talep üzerine yüklenir.
4. MCP Tercihi — İlgili MCP araçları (PubMed, Scholar Gateway, Clinical Trials, Hugging Face) mevcutsa, beceriler eğitim verisi yerine canlı veriyi tercih eder ve kaynağı + erişim tarihini gösterir.

Bu kademeli yükleme yaklaşımı sayesinde 210 becerinin tamamı aynı projede mevcut olabilir; Claude yalnızca ihtiyaç duyduğunu hafızaya çeker.

[!NOTE] İpucu: Tek bir Claude Projesi içinde birden çok beceriyi birleştirerek çok-uzmanlı bir ekip kurun. Örneğin Derin Araştırma + Makale Yazarı + Makale Hakemi becerilerini birlikte yükleyerek araştırmadan yayına eksiksiz bir iş akışı elde edin.

💡 Kullanım Örnekleri

Beceriler kullanıcı niyetine göre otomatik etkinleşir:

| Siz dediğinizde... | Etkinleşen beceri | |:---|:---| | "CRISPR gen düzenlemesindeki en son bulguları araştırmama yardım et" | alterlab-deep-research | | "Eğitimde makine öğrenmesi üzerine akademik bir makale yaz" | alterlab-paper-writer | | "Makalemi metodoloji açısından gözden geçir" | alterlab-paper-reviewer | | "Alzheimer biyobelirteçleri üzerine güncel çalışmalar için PubMed'de ara" | alterlab-pubmed | | "RNA-seq verimi analiz et" | alterlab-scanpy + alterlab-pydeseq2 | | "Konferansım için bilimsel bir poster oluştur" | alterlab-latex-posters | | "Sosyal bilim çalışmam için bir anket tasarla" | alterlab-survey-design | | "IRB etik başvurumda bana yardımcı ol" | alterlab-research-ethics | | "Klinik deneme verim için bir Bayes modeli kur" | alterlab-pymc | | "Kaynakçamdaki her atıfın gerçekten var olduğunu doğrula" | alterlab-citation-verifier | | "Doktora öğrencimin tez yazımına rehberlik et" | alterlab-thesis-supervisor |

Çekirdek iş akışları slash komutlarıyla da çağrılabilir: /research-pipeline, /lit-review, /review-paper, /cite-check.

🔗 Kardeş Projeler

• AlterLab-FC-Skills — iletişim öğrencileri için 72 ajansal beceri
• AlterLab_GameForge — konseptten yayına 34 oyun geliştirme becerisi

📖 Bu Depoyu Atıfla

AlterLab Akademik Beceriler'i araştırmanızda veya öğretiminizde kullandıysanız lütfen atıfta bulunun. Yapılandırılmış üst veri, makine okunabilir CITATION.cff dosyasında tutulur; GitHub bunu otomatik olarak APA ve BibTeX biçimlerine dönüştürür ("Cite this repository" düğmesi).

@software{alterlab_academic_skills_2026,
  title        = {AlterLab Academic Skills},
  author       = {{AlterLab Creative Technologies Laboratory, Izmir University of Economics (IEU)}},
  year         = {2026},
  version      = {2.1.0},
  license      = {MIT},
  url          = {https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills}
}

[!NOTE] Bu depo, MIT lisanslı K-Dense scientific-agent-skills projesinin içerik çatallamasıdır. Akademik dürüstlük gereği, türetilmiş çalışmalarda hem bu depoya hem de özgün kaynağa atıfta bulunmanızı öneririz; tam köken zinciri CITATION.cff dosyasının references bölümünde yer alır.

🤝 Katkıda Bulunma

Katkılarınızı memnuniyetle karşılıyoruz! Yönergeler için CONTRIBUTING.md dosyasına bakın.

Hızlı katkı yolları:

• 🛠️ Mevcut bir beceriyi daha iyi çerçeveler veya şablonlarla geliştirin
• ✨ Yukarıdaki yapıyı izleyerek yeni bir beceri oluşturun
• 🐛 Sorunları bildirin veya iyileştirmeler önerin
• 📚 Dokümantasyona örnekler veya kullanım senaryoları ekleyin

Pull request açmadan önce:

python3 scripts/audit_skills.py        # şema denetimi
python3 scripts/gen_catalog.py --check # katalog ve README sayım eşitliği
pytest tests/                          # pytest harness

📜 Lisans

Bu proje MIT Lisansı ile lisanslanmıştır.

MIT License — Copyright (c) 2026 AlterLab Creative Technologies Laboratory

Her becerinin kapsadığı aracın ayrı bir lisansı olabilir — ilgili SKILL.md frontmatter'ında veya araç dokümantasyonunda kontrol edin.

🙏 Teşekkürler

❤️ ile AlterLab Creative Technologies Laboratory tarafından geliştirildi

210 beceri · 16 alan · 210'u çalıştırılabilir eval ile · uzman düzeyinde araştırmaya 1 komut uzaklıkta

Bu projeyi faydalı bulduysanız lütfen bir ⭐ vermeyi düşünün

⬆ Başa Dön