aptamer-mcp-server

v0.1.3

Published

15 days ago

MCP server for querying aptamer database with 11,735+ records. Cloud-based data loading from Vercel CDN.

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aresfangxx

mcp model-context-protocol aptamer bioinformatics database claude ai

Aptamer MCP Server

为 Claude Desktop 提供 MCP (Model Context Protocol) 工具，查询 11,735+ 条 aptamer 记录。数据从云端自动加载，无需本地存储。

快速开始 (推荐)

无需下载代码！ 直接使用 npx 运行：

在 Claude Desktop 配置文件中添加：

{
  "mcpServers": {
    "aptamer-db": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "aptamer-mcp-server"]
    }
  }
}

完成！重启 Claude Desktop 即可使用。数据将自动从官方源加载。

可用工具

MCP 服务器提供以下工具：

search_by_target - 按目标分子名称搜索 aptamers（支持中文，如"乳酸"）
get_by_doi - 通过 DOI 获取文献的 aptamers
list_targets - 列出所有目标分子及其 aptamer 数量
get_by_external_id - 通过外部 ID（如 Aptagen ID）查询
top_by_pkd - 获取特定目标的最高亲和力 aptamers

本地开发

如果你想从源码运行或修改代码：

克隆仓库并安装依赖：

git clone https://github.com/Aresfangxx/Aptamer-Database.git
cd Aptamer-Database/mcp-server
npm install
npm run build

启动 stdio MCP：npm run start
可选 HTTP 调试：npm run http（默认端口 3333）

数据源

MCP 服务器从在线 URL 加载数据：

默认数据源

不设置环境变量时，自动从官方 Vercel 部署加载：

https://aptamer-database.vercel.app/APTAMERS.jsonl

自定义数据源（可选）

如果你部署了自己的数据副本，可以指定自定义 URL：

{
  "mcpServers": {
    "aptamer-db": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "aptamer-mcp-server"],
      "env": {
        "APTAMERS_URL": "https://your-custom-deployment.com/APTAMERS.jsonl"
      }
    }
  }
}

MCP 请求示例（stdio 每行一个 JSON）

{"id":1,"method":"aptamers.search_by_target","params":{"query":"乳酸","limit":20}}
{"id":2,"method":"aptamers.get_by_doi","params":{"doi":"10.1007/s00216-015-9179-z"}}
{"id":3,"method":"aptamers.list_targets","params":{"query":"lac"}}
{"id":4,"method":"aptamers.top_by_pkd","params":{"query":"thrombin","top":3}}

优势

✅ 零配置: 无需指定数据源，自动从云端加载
✅ 无需本地存储: 数据文件在云端（11,735 条记录）
✅ 自动更新: 数据更新时无需重新安装
✅ 网络优化: 60 秒超时 + 自动重试 3 次
✅ 稳定可靠: 部署在 Vercel CDN，全球加速

HTTP 调试

启动 HTTP 服务器用于测试：

npm run http

可用端点：

/search?q=乳酸&limit=20
/bydoi?doi=10.1007/s00216-015-9179-z
/targets?q=lac
/byid?id=B0YJF8
/top?q=thrombin&n=3

发布到 npm

如果你要发布新版本：

npm login

更新版本号：

npm version patch  # 0.1.0 -> 0.1.1
# 或
npm version minor  # 0.1.0 -> 0.2.0
# 或
npm version major  # 0.1.0 -> 1.0.0

发布：

npm publish

发布后，用户就可以通过 npx aptamer-mcp-server 使用最新版本。

版本历史

v0.1.3 (Latest)

🚀 简化: 移除本地文件支持，只保留云端加载
✅ 零配置: 默认从 Vercel 加载数据，无需配置环境变量
📦 更小: 包体积从 24.0kB 减少到 ~20kB
🎯 更专注: 专注于云端数据访问，避免路径配置问题

v0.1.2

🐛 修复: 排除测试文件，解决 npx 安装后的 ENOENT 错误
✅ 包体积优化: 从 24.5kB 减少到 24.0kB

v0.1.1

✅ 网络优化: 增加超时时间从 10s 到 60s
✅ 自动重试: 网络失败时自动重试 3 次（间隔 2s/4s/6s）
✅ 更好的错误提示: 提供详细的故障排查建议
✅ 稳定性提升: 解决防火墙/代理环境下的连接问题

v0.1.0

初始版本
支持本地文件和在线 URL 数据源
5 个 MCP 工具（search_by_target, get_by_doi, list_targets, get_by_external_id, top_by_pkd）

License

MIT