dsh-bioviewer

English · 中文

在 DeepSeek Harness 侧边栏里查看生物大分子、冷冻电镜密度图与小分子。插件向 dsh-better-sidebar 注册预览器，用 Mol*（@molstudio/react）渲染，与 BioViewer VS Code 扩展 同一套 viewer。

功能

• PDB / mmCIF / Binary CIF、MRC 密度图、小分子，以及 Chimera .cmm 标记（可与密度图叠图）
• 所有格式支持 .gz；「BioViewer」tab 浏览工作区；跟随 DSH 明暗主题与界面语言
• 文件被改写时替换重载，不叠加
• 模型可用 bio_open 打开文件或数据库条目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234）

密度图加速（Wasm）

从 @molstudio/core 0.1.6 起，密度图的等值面改由 MolStudio 自带的 WebAssembly marching-cubes 内核重建。插件把这份 ~55 KB 的 molstudio-wasm-engine.wasm 和它的 worker 一起以 base64 内嵌进 lib/client.js，随插件分发：不新增资源路由，不依赖 node_modules、CDN 或构建机路径，离线可用。运行时先试 worker 里的引擎（不占界面线程），没有 worker 就用主线程里的同一份 wasm，两者都不可用才回落到 Mol* 自己的等值面。资产由 bun run sync:molstudio-assets 从已安装的 @molstudio/core 重新生成。

同样的网格、同样的等值面、同样的三角形数，直接对比两套 marching cubes（Chrome 157 / V8，单线程，真实 EMDB 数据）：

| 重建的网格 | 三角形 | Mol* JS 内核 | wasm 内核 | 倍数 | | --- | --- | --- | --- | --- | | 65³ | 10 k | 9 ms | <1 ms | 22.8× | | 113³ | 117 k | 35 ms | 4 ms | 9.2× | | 146³ | 112 k | 58 ms | 6 ms | 9.1× | | 251³ | 3.2 M | 440 ms | 97 ms | 4.6× |

表面越密，倍数越接近下限：几百万三角形时约 2–5 倍（我们另用 1000 万三角形的噪声网格测得 3.4 倍）。

从 @molstudio/core 0.1.8 起，周期固体等值面重新走 Mol* 的 GPU texture-mesh（与 0.1.5 同一套 useGpu 判定）。打开一张典型冷冻电镜密度图时不启动 worker。Wasm 只加速 CPU 路径：线框、没有 float 纹理、软件 GL。超过 GPU 纹理上限的网格在进程内用 wasm ds_from_staging 降采样，降完若能进 GPU 就走 GPU。

真机（ANGLE Metal，Apple M2 Pro）上：300³ 周期固体打开与 0.1.5 持平（~455–473 ms，无 worker，texture-mesh），等值面拖动约 17 ms；线框 iso 约 8 倍（~1 s → ~120 ms）；512³ 先降到 256³ 再走 GPU，打开 2.9 → 1.3 s，iso 约 230–280 倍（~4 s → ~14–17 ms）。先前用 SwiftShader 测得的打开时间不代表真机路径，已从产品说明中撤下。

当前依赖为 0.1.9：损坏的密度图或空结构现在会直接报错（加载失败会拒绝并清掉半成品状态，面板给出错误和重试），EMDB 作者推荐阈值取不到时地图仍按解析阈值打开。

截图

支持的格式

| 类别 | 扩展名 | Mol* reader | | --- | --- | --- | | 结构 | pdb ent | pdb | | 结构 | cif mmcif mcif bcif | mmcif | | 体数据 | mrc map ccp4 | ccp4 | | 小分子 | sdf sd | sdf | | 小分子 | mol | mol | | 小分子 | mol2 | mol2 | | 小分子 | pdbqt | pdbqt | | 小分子 | gro | gro | | 小分子 | xyz | xyz | | 标记模型 | cmm | MolStudio 画成球与管 |

每个扩展名也都支持 .gz（1abc.pdb.gz、map.mrc.gz 等）。

安装

需要 DSH 0.2.2-rc.1 或更新版本（cordis 4.1.0、Node.js 24.9+）。

dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest

没有 better-sidebar 时插件会加载，但不显示 viewer。开发用本地检出：

bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"

市场上架

插件会出现在读取 GitHub dsh-plugin topic 的市场，以及 awesome-dsh-plugin 目录。商店图见 screenshots.json。图标与 BioViewer VS Code 扩展 共用 resources/img/icon.png。

使用

侧边栏 + 菜单打开「BioViewer」，或从文件树 / 聊天链接打开受支持的文件。.gz 与未压缩文件用法相同。

Agent 打开

bio_open 的 target 是路径或 pdb: / alphafold: / emdb: 条目，打开新标签。bio_add 用同样的 target 把对象叠进当前 BioViewer（密度图叠结构、标记叠密度图、再开一个 PDB）。没有已打开的 viewer 时 bio_add 会先创建一个。title 可选。delivered: true 表示已到达客户端；false 表示侧边栏未挂载、已排队。不支持的扩展名会被拒绝，并列出可支持格式。

开发

Bun 1.4.4。bun run verify:fast 是 pre-push 与 CI 的门禁。架构与宿主契约见 AGENTS.md；规格见 规格索引；历史验证 不是当前验收。

bun install
bun run verify:fast

已知限制

工作区浏览器只列一层。

许可证

MIT