dsh-dcs-cloud

DeepSeek Harness 插件：接入 BGI Research 发布的 dcs CLI，面向 DCS Cloud（cloud.stomics.tech）做基因组 / 时空组学的生信研究编排。

在 DSH 里完成「任务分解 → 深度研究 → 形成研究方案 → 数据检索 → Genpilot 流程复用 → 脚本审计 → 在线/离线执行 → 学术网页报告」的完整闭环。

💡 仓库 GitHub 名 DCS-Harness，npm 包名 dsh-dcs-cloud（同一项目）。

🚀 DCS Harness v2.5（默认 dsh 内嵌，规划式工作流）

v2.0 曾把 DCS 研究工作台做成独立 profile（dcs-harness）单独开页面；v2.1 起改为直接在默认 dsh 中使用：插件装入常规 dsh 后，工作窗口随每个对话自动出现，无需独立 profile、无需启动器按钮、不再弹出单独页面。v2.2 把「任务交互」并入「项目管理」并移除旧版「DCS 任务」tab；后续版本强化了规划式工作流（先检索→出计划→与用户确认→再执行）、多模态图表、图片本地化交付与数据确认走对话。

核心原则：你（dsh）是「使用科学家」导师，负责分解科学问题、制定方案、指导与监督；具体计算由 DCS Genpilot 智能交互执行。用户输入问题后先规划、再执行，绝不直接开跑。

v2.6.2 · Genpilot 默认 + 原生 skill/专家 + Genos 预测模型区分：新增「默认引擎 = DCS Genpilot」与「一次使用 = 一个 Genpilot 项目」两条默认规则（每次用 dcs_project_create 立项，项目 code 登记到「项目管理」窗口）；并支持读取 DCS 原生技能库（/public/skills，973 条）与 专家库（/public/skills/experts）；Genos 预测模型（VCF→RNA 信号，1.2B）与 Genpilot 对话 LLM（deepseek-v4-pro 等）在插件中彻底区分，避免混淆。

v2.12.0 · 投递多通道（Pod 内 dcs task run + 自动 -m 挂载）+ builtin 云技能接线 + 专家优先：修复「离线/WDL 任务输入文件对引擎不可见」——此前投递走宿主 CLI（analysis/workflow，无 -m 挂载语义），外部导入实体（如 VIRE-chip202205001）的文件在数据管理可见但引擎看不到；现改为优先走 Genpilot Pod 内 dcs task run -t s|w（容器挂载体系 + -m 显式挂载输入文件），Pod 通道不可用时自动降级宿主 CLI 并标注通道。并把 builtin 云技能（cloud-terminal / cloud-public-resource / dcs-data-manager / dcs-workflow-skill / literature-search）接入 skillCatalog 供发现读取，synPrompt 增加「先专家后技能」路由与「带特定目标数据必须在已有项目分析」的项目归属判断。

v2.16.0 · biolens-search（MCP）数据检索 + dsh 0.1.2-rc.1 适配：新增 dcs_biolens_search——宿主直连 BioLens MCP（OmicSeek 组学数据集索引，db.cngb.org/biolens/mcp，DCS Genpilot 对话里自动启用的 biolens-search 即同一后端：约 11.7 万条数据集 / 139 个来源库），中英文自然语言 1-5s 检索（bm25+向量混合打分），返回排序结果与文件清单（download_url；经 DCS Cloud/Genpilot 集成调用会补 dcs_path 容器路径 → 优先命中容器 /public 已有数据）。「找数据」流程第一步改为 BioLens 检索（替代全盘 find）；实测对齐 dsh-tools 0.1.2-rc.1（defineTool/isConcurrencySafe/presentCall 兼容，新增 PTC 为可选模式不影响默认 native 呈现）。key 用 dcs_api_key set biolens <auth_key> 或 env DCS_BIOLENS_KEY 配置。

v2.16.1 · 找数据默认走 Genpilot 对话（容器 /public 优先）：按真实用法修正 dcs_biolens_search 默认通道——先在项目在线容器里用 Genpilot 对话找数据（Genpilot 助手的 biolens_search 不仅能命中约 11.7 万条公开数据集，还能优先找到容器 /public 里已有的本地数据；对话返回的只读检索命令由工具在容器内执行验证，给出 /public 真实命中路径/dcs_path）；宿主直连 BioLens MCP 降为兜底（Genpilot 对话不可用或无容器命中时查公开库记录与文件，mcp=false 可关）。会话「学术检索 A / 找数据步骤 2」同步改为该语义。

v2.16.2 · MCP 升为常开补充通道 + 默认片区 = 时空片区（BGI-时空）：dcs_biolens_search 的宿主 BioLens MCP 不再只在 Genpilot 无命中时兜底——mcp=true（默认）时始终并行补充公开库记录与文件（容器命中优先展示，MCP 供交叉对照/下载）；找数据默认片区明确为时空片区 BGI-时空（容器 /public 数据只在 BGI Center 片区挂载：STDS 公共数据集、技能库等），当前片区非时空时提示先 dcs region switch BGI-时空（或项目管理切换节点）再跑容器验证。会话提示、工具描述/参数/输出 schema、README、atlas 同步。

v2.17.0 · 新增「项目文件」tab（浏览当前项目容器文件：小文件在线预览 / 大文件下载）：对话视图新增第 4 个 tab——项目文件：浏览当前项目在线容器里的文件夹（默认 工作目录 /work/{user}，支持跳转 /public 公共库、一键进入时空公共数据集目录 /public/database/CNGBdb/pub/SciRAID/stomics 等）；文件按 类型/大小/修改时间 列出，双击/按钮在线预览（文本 ≤4MB、图片 ≤6MB 直接内联查看），任意大小文件一键下载（容器→本机流式下载，附件形式保存）。宿主新增 /v2/files/status|list|read|download 四组路由；dcs terminal exec（python 列目录）与 dcs terminal download 机制已在线上容器实测验证。

两个核心窗口（conversation.view tab 环，随每个对话更新，对话原样保留）：

| 窗口 | 内容 | | --- | --- | | 项目管理 | 项目概览（目标 / 状态 / 模块统计 / token 消耗 / 模型 / 节点）+ 模块卡片（状态 / 进度）+ 运行版本时间线（v1/v2…，历史全保留）+ 代码/输入/输出文件清单 + 运行费用 + Genpilot 模型下拉切换（持久化）+ 节点（片区）下拉切换（dcs region switch）+ 费用与资源面板（项目余额 + 最近离线任务费用/资源/镜像）+ 里程碑质检清单 + 分片任务进度聚合 + 自有数据来源展示 | | 项目文件 | 浏览当前项目在线容器文件（面包屑导航 / 快捷入口：工作目录、/public、时空公共数据集 STDS）；文件类型/大小/时间列表；小文件在线预览（文本 ≤4MB、图片 ≤6MB 内联）；任意大小文件下载（容器→本机附件保存） | | 结果交付 | 论文式交付文档（科学问题 / 假说 / 分解 / 数据 / 方法 / 发现与结论 / 创新性与已有研究的关系 / 下一步计划），关键节点整体梳理（revision 递增），支持 bar/line/pie/scatter/heatmap/stat/table/summary/image/video/audio/iframe/link/html 多模态图表 + %%chart:图id%% 正文随文插入 + 图片本地化交付（自动下载到本机，离线可用） |

使用流程：

# 1) 把插件装进默认 dsh（本地开发用本仓库路径；发布后用 github: 源）
dsh plugin --profile web add /path/to/DCS-Harness   # 或 github:BGIResearch/DCS-Harness
# 重启 dsh web 后，「项目管理 / 结果交付」两个窗口自动出现在对话上方；
# 设置 → DCS Cloud：配置 PAT 后即可开始使用。

# 2) 或一键安装脚本（同上，等价）
bash scripts/install-harness-profile.sh

开发迭代时，web profile 里 node_modules/dsh-dcs-cloud 是指向本仓库的软链，改代码后重启 dsh web（host 半）或刷新页面（client 半）即可生效。

🧭 规划式工作流（用户输入问题后）

用户提问
  → ⓪ 立项（Genpilot 项目）：dcs_project_create 创建本项目（自动取第一个授权计费组），project_code 登记到 dcs_project_update
  → ⓪.5 复用 DCS 原生 skill / 专家：dcs_skills_list → dcs_skill_read；需要某方向专家用 dcs_experts_list → dcs_expert_read
  → ① 数据确认（第一步）：用 ask_user_question 主动询问用户是否提供自有数据（本地路径/容器/链接，不限类型，附用途描述），customData.items 登记；无则说明优先用 DCS 公共库 /public
  → ② 学术检索：web_search/子代理查文献背景；**dcs_biolens_search（Genpilot 对话找数据，容器 /public 优先，第一动作）** → dcs_container_ls 验证 → dcs_atlas/dcs_public_search 摸清可用数据资源与可复用流程
  → ③ 给出分析计划：dcs_plan_update（科学问题→数据→方法步骤→预期产出），planStatus=awaiting_review
  → ④ 与用户互动修改：ask_user_question 请用户确认/调整，直至 planStatus=approved
  → ⑤ 才进入执行：dcs_module_update 分解模块 → dcs_run_start 执行（Genpilot 在线容器/离线并行）
  → ⑥ 监督与登记：执行后 dcs_run_update 更新状态/文件/费用，dcs_task_ids 记录离线任务
  → ⑦ 交付：dcs_delivery_update 按论文逻辑整体梳理，多模态图表随文插入，图片下载到本地
  → ⑧ 报告：dcs_generate_report 生成自包含 HTML 网页

能力一览

| 工具 | 作用 | | --- | --- | | dcs_atlas | 查看「数据库全图谱」：11 片区公共库 + 官方组学工具库（8 大类）+ 关键词映射 + 容器公共数据集 + DCS 原生技能/专家库 | | dcs_biolens_search | 找数据第一动作：默认片区 = 时空片区 BGI-时空；默认在项目容器内走 Genpilot 对话（Genpilot 助手 biolens_search 命中约 11.7 万条/139 来源库公开数据集，且优先给出容器 /public 已有数据的 dcs_path/真实路径；只读命令容器内执行验证）；宿主 BioLens MCP 始终并行补充公开库记录与文件（OmicSeek，bm25+向量排序 + download_url，mcp=false 可关）。key：dcs_api_key set biolens <auth_key> | | dcs_skills_list | 列出/检索 DCS Genpilot「原生技能库」（/public/skills，dcs-skills / builtin_skills / OmicsClaw / LabClaw / bioSkills / claude-scientific-skills / ClawBio，973 条），支持按类别/关键词/仅原生过滤 | | dcs_skill_read | 读取某个 DCS 原生技能的完整 SKILL.md（必要时 README.md / AGENTS.md） | | dcs_experts_list | 列出 DCS「专家库」（/public/skills/experts：单细胞/空间/WGS-WES/CIMA/HCC 病理等） | | dcs_expert_read | 读取某位 DCS 专家的完整定义（AGENTS.md + SOUL.md）与其绑定子技能 | | dcs_api_key | 管理 DCS 技能/模型 API key（set/get/list/delete），持久化于 ~/.dsh/dcs-cloud.json（600 权限）。支持 Genos‑VEP / Genos‑Mutation，调用技能时自动注入 key | | dcs_project_create | 在 DCS Genpilot 平台创建真实项目（dcs project create，自动取第一个授权计费组；一次使用=一个项目），返回项目 code 供 dcs_project_update 登记 | | dcs_public_search | 搜索 DCS 公共库元数据（容器 /public 之外的补充，走 REST API） | | dcs_container_ls | 列在线容器目录（第一优先级：/public 公共库挂载、/work 已有分析） | | dcs_data_inspect | 快速查看 h5ad/csv 结构（细胞类型 annotation / 脑区 / 基因，不加载矩阵） | | dcs_find_results | 查找 /work 里 Genpilot 已跑的分析结果，避免重复计算 | | dcs_login / dcs_status / dcs_configure | PAT 登录、查看当前项目/片区、本地配置 | | dcs_data_ls / dcs_data_find / dcs_data_info | 在 DCS 数据管理（/Files 文件结构）检索平台项目/样本数据 | | dcs_data_download | 下载数据到本机（第二优先级：外部数据获取） | | dcs_data_upload / dcs_data_push | 上传本机数据到 /Files（支持 batch_import 批量导入）；把容器 /work 结果推送到 /Files 归档 | | dcs_workflow_search / dcs_workflow_info | 检索并查看 Genpilot 现有流程（WDL）与参数规格、多步规划（第一优先级：复用现有脚本/方案） | | dcs_terminal_exec / dcs_terminal_file | 在线容器（Genpilot 智能分析环境）执行 / 读写文件（第二优先级：在线写新脚本、简单任务在线运行） | | dcs_offline_run / dcs_parallel_run | 离线任务投递（长任务/资源大/需并行）；dcs_parallel_run 按 {i} 分片并行投递 | | dcs_workflow_run | 投递 WDL 工作流任务 | | dcs_task_status | 跟踪离线任务与 WDL 任务状态 / 日志 | | dcs_task_update / dcs_step_status | 把「分析计划 + 数据源 + 步骤依赖关系 + 进展」写入「DCS 任务」面板（浏览器 tab） | | dcs_llm | 调用 DCS Genpilot LLM（对话模型，deepseek-v4-pro 等，系统自动鉴权）做解读 / 文献综合 / 写作。注意：与 Genos 预测模型（VCF→RNA 信号）不同 | | dcs_plan | 生成 Genpilot 风格 Plan.md（步骤进度表 + 产物路径 + 方法学 + 总结） | | dcs_audit_script | 执行前静态审计脚本（危险命令 / 硬编码密钥 / 注入 / 资源镜像配置） | | dcs_generate_report | 把结果、图表、方法按学术逻辑整理成自包含 HTML 网页 | | dcs_cli | 通用透传任意 dcs 命令（逃生舱） |

「DCS 任务」面板（浏览器 UI）

插件在 DSH web 的对话视图里增加一个 「DCS 任务」tab（conversation.view），除了对话外，可视化展示：

• 分析计划：任务标题、研究目标、步骤清单；
• 模型 / 资源：当前任务使用的 Genpilot 模型（下拉切换，自动持久化）与计算资源规格；
• 数据源：每步用到的数据（名称 / 路径 / 类型）；
• 步骤逻辑关系：步骤间的依赖（依赖 → step1 → step2）；
• 分析细节：每步的说明与输出、交付物（数据集 / 结果 / 图表 / 报告 / 文件）；
• 执行进展：每步状态（待执行/进行中/已完成/失败/受阻）+ 进度条，5 秒自动刷新；
• 离线任务与资源消耗：最近 10 个离线任务（dcs analysis）的子任务状态、资源规格、费用与镜像，5 秒自动刷新。

数据由 agent 通过 dcs_task_update（建任务/写步骤，可带 model/resources）和 dcs_step_status（单步推进）写入，存于 ~/.dsh/dcs-cloud-tasks.json；离线任务清单实时读 dcs analysis ls/info。

「DCS Cloud」设置页（浏览器 UI）

插件还在 DSH 设置（settings.section，导航栏「DCS Cloud」）里提供一个配置页，无需在对话中操作即可完成：

• 填写/保存 PAT（dcs_pat_...）并一键登录、测试连接；
• 展示当前登录态（用户名 / 片区 / 项目）；
• 配置 dcs CLI 二进制路径与自动下载开关（auto / never）。

配置写入 ~/.dsh/dcs-cloud.json，与 dcs_login / dcs_configure 工具共用同一份配置。

插件通过 systemPrompt 注入上面的流程引导，让 agent 自动按「容器 /public 公共数据优先、现有脚本优先、审计后执行、离线并行、网页交付」的规则推进。

详细图谱见 docs/dcs-database-atlas.md（片区公共库、官方组学工具库、Genpilot 使用范式）。

前置：dcs CLI 与 PAT

dcs 是 BGI Research 发布的本机二进制（Go），通过 Personal Access Token (PAT) 登录 DCS Cloud。

1. 获取 PAT：登录 DCS Cloud →「个人中心 → API Key / PAT 管理」创建，形如 dcs_pat_xxx。
2. 插件首次调用时会自动按当前平台下载对应二进制（含 SHA256 校验）到 ~/.dsh/dcs-bin/；也可手动安装：

# macOS（Apple Silicon）
curl -L -o dcs https://github.com/BGIResearch/dcs_cli/releases/download/v1.1.0/dcs-darwin-arm64
chmod +x dcs && sudo mv dcs /usr/local/bin/dcs

安装

# 从 GitHub 安装（推荐）
dsh plugin --profile web add github:BGIResearch/DCS-Harness

# 或本地目录安装
dsh plugin --profile web add /path/to/DCS-Harness

# 然后重启 dsh web（或按 dsh 的插件热载提示操作）

在会话中对 agent 说「用 DCS 云分析 XX 数据」，或直接调用 dcs_login 输入 PAT 开始。

安全说明

• PAT 仅运行时使用：交给 dcs 自身加密存储在 ~/.dcs/config.yaml；同时为直连公共库检索 API 而缓存于 ~/.dsh/dcs-cloud.json（本机私有文件，写入时设为 0600 权限，不通过任何接口外发）。
• 插件本地配置（二进制路径、自动下载开关）存于 ~/.dsh/dcs-cloud.json。
• Genpilot LLM 与 Genos 模型为 DCS 系统自带：Genpilot 对话 LLM（deepseek-v4-pro 等）由系统自动鉴权；Genos 预测模型（VCF→RNA 信号，1.2B）需用户 API key（通过 dcs_api_key 配置，key 从 DCS Cloud「个人资料→API_key 管理」申请）。dcs 登录仅需 dcs_pat_...（PAT）。
• dcs_data_rm、dcs_task_cancel/rm 等破坏性命令不会由高层工具直接触发；如需使用请走 dcs_cli 透传，并确认后果。
• 执行前请用 dcs_audit_script 审计脚本。

目录

lib/index.js         宿主半：54 工具（presentCall 卡片呈现 + 只读工具 isConcurrencySafe）+ systemPrompt 流程引导 + 「项目管理/DCS/设置」HTTP 路由 + 图片本地化交付 + 会话地图 SSE
lib/dcs-client.js    dcs 二进制管理（30s 解析缓存）、PAT 登录、命令执行、公共库检索
lib/projects.js      v2 数据模型：项目/模块/运行版本/文件/交付/自定义数据/计划/里程碑存储（~/.dsh/dcs-projects.json，带进程内写锁）
lib/atlas.js         数据库全图谱（片区/官方工具库/关键词映射/容器公共数据集/Genpilot 范式/模型列表）
lib/audit.js         脚本静态审计（shell/python/WDL 分级报告）
lib/plan.js          Plan.md 生成（Genpilot 执行计划文档）
lib/report.js        学术 HTML 报告生成（多模态媒体，图片随章插入）
lib/tasks.js         任务存储（按会话作用域）+ 局部字段更新（model/resources，带进程内写锁）
lib/client.js        浏览器半：「项目管理/结果交付」两窗口（默认 dsh 自动注册）+ 多模态图表 + 图片本地化展示 + 设置页
docs/dcs-cli-reference.md     dcs CLI 完整能力图谱（命令/参数/JSON 输出）
docs/dcs-database-atlas.md    数据库全图谱（片区公共库/官方工具库/Genpilot 范式）
cordis.patch.yml     组合 patch（insert 行）
package.json         包元数据（dsh.bundle）
scripts/install-harness-profile.sh   安装到默认 dsh（web profile）的安装脚本