Giiisp NCBI Entrez MCP 服务器

一个基于模型上下文协议（MCP）的服务器，用于访问NCBI Entrez编程工具的所有API接口。该包通过MCP协议为AI助手和研究工具提供无缝的生物信息学数据访问。

✨ 功能特性

• 🔬 核心E-utilities支持 - 实现7个核心NCBI E-utilities工具
• ⚡ 高性能 - 30秒超时，优化的性能表现
• 🛡️ 健壮的错误处理 - 全面的错误管理机制
• 📊 详细的日志记录 - 便于调试的日志系统
• 🔧 易于集成 - 简单的MCP协议实现
• 🌍 多数据库支持 - 支持38个NCBI数据库
• 📅 灵活的搜索选项 - 支持日期范围、排序等多种搜索参数

🚀 快速开始

安装

npm install -g giisp-entrez-mcp

使用方法

作为全局命令

giisp-entrez

作为MCP服务器

服务器将启动并监听通过stdio的MCP协议消息。

与Claude Desktop集成

要在Claude Desktop中使用此MCP服务器，请将以下内容添加到您的Claude Desktop配置文件中：

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

方法1：使用npx（推荐）

{
  "mcpServers": {
    "giisp-entrez-mcp": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "giisp-entrez-mcp"]
    }
  }
}

方法2：全局安装后使用

{
  "mcpServers": {
    "giisp-entrez": {
      "command": "giisp-entrez"
    }
  }
}

添加此配置后，重启Claude Desktop，您就可以通过MCP接口直接访问NCBI数据。

开发安装

git clone https://github.com/giisp/giisp-entrez-mcp.git
cd giisp-entrez-mcp
npm install
npm start

📖 使用说明

支持的E-utilities工具

1. EInfo - 数据库信息

获取数据库信息，包括可用数据库列表、字段列表和更新频率。

参数:

• db (string, 可选): 数据库名称，不提供则返回所有数据库信息

示例:

{
  "name": "EInfo",
  "arguments": {
    "db": "pubmed"
  }
}

2. ESearch - 搜索记录

在指定数据库中搜索记录，返回匹配的UID列表。

参数:

• db (string, 必需): 要搜索的数据库名称
• term (string, 必需): 搜索查询词
• usehistory (boolean, 可选): 是否使用历史记录
• retstart (integer, 可选): 返回结果的起始位置
• retmax (integer, 可选): 返回结果的最大数量
• sort (string, 可选): 排序方式
• mindate (string, 可选): 最小日期（格式：YYYY/MM/DD）
• maxdate (string, 可选): 最大日期（格式：YYYY/MM/DD）

示例:

{
  "name": "ESearch",
  "arguments": {
    "db": "pubmed",
    "term": "artificial intelligence",
    "retmax": 10,
    "sort": "relevance"
  }
}

3. EPost - 上传UID列表

上传UID列表到NCBI历史服务器。

参数:

• db (string, 必需): 数据库名称
• id (string, 必需): UID列表，用逗号分隔

示例:

{
  "name": "EPost",
  "arguments": {
    "db": "pubmed",
    "id": "12345678,87654321"
  }
}

4. ESummary - 文档摘要

获取指定UID的文档摘要信息。

参数:

• db (string, 必需): 数据库名称
• id (string, 必需): UID列表，用逗号分隔
• version (string, 可选): 版本号
• retmode (string, 可选): 返回格式（xml或json）

示例:

{
  "name": "ESummary",
  "arguments": {
    "db": "pubmed",
    "id": "12345678",
    "retmode": "json"
  }
}

5. EFetch - 完整记录

获取指定UID的完整记录。

参数:

• db (string, 必需): 数据库名称
• id (string, 必需): UID列表，用逗号分隔
• rettype (string, 可选): 返回类型（根据数据库而定）
• retmode (string, 可选): 返回格式
• version (string, 可选): 版本号

示例:

{
  "name": "EFetch",
  "arguments": {
    "db": "pubmed",
    "id": "12345678",
    "retmode": "xml"
  }
}

6. ELink - 相关记录

查找相关记录或在不同数据库间建立链接。

参数:

• dbfrom (string, 必需): 源数据库名称
• db (string, 必需): 目标数据库名称
• id (string, 必需): 源数据库的UID列表
• linkname (string, 可选): 链接名称
• term (string, 可选): 搜索词
• usehistory (boolean, 可选): 是否使用历史记录
• cmd (string, 可选): 命令类型

示例:

{
  "name": "ELink",
  "arguments": {
    "dbfrom": "pubmed",
    "db": "protein",
    "id": "12345678"
  }
}

7. ECitMatch - 引用匹配

匹配引用格式。

参数:

• bdata (string, 必需): 引用数据，每行一个引用
• retmode (string, 可选): 返回格式（xml或json）

示例:

{
  "name": "ECitMatch",
  "arguments": {
    "bdata": "Smith J, et al. Nature. 2020;123:456-789.",
    "retmode": "json"
  }
}

支持的数据库

• pubmed - 生物医学文献
• protein - 蛋白质序列
• nucleotide - 核酸序列
• gene - 基因记录
• genome - 基因组数据
• structure - 分子结构
• taxonomy - 分类学数据
• gds - 基因表达数据集
• sra - 序列读取档案
• bioproject - 生物项目
• biosample - 生物样本
• clinvar - 临床变异
• dbvar - 结构变异
• gap - 基因型和表型
• geoprofiles - 基因表达谱
• homologene - 同源基因
• medgen - 医学遗传学
• mesh - 医学主题词
• nlmcatalog - NLM目录
• omim - 在线人类孟德尔遗传
• pmc - PubMed Central
• popset - 群体数据集
• proteinclusters - 蛋白质簇
• sequences - 序列数据
• snp - 单核苷酸多态性
• unigene - UniGene
• unists - UniSTS

🔧 技术细节

• 超时时间: 30秒
• 请求头: 自动Content-Type和User-Agent
• 错误处理: 区分网络、API和超时错误
• 日志记录: 详细的请求和响应日志

🛠️ 错误处理

服务器处理以下错误类型：

• 超时错误: 请求超过30秒
• 网络错误: 无法连接到NCBI服务器
• API错误: 服务器返回错误状态码
• 参数错误: 缺少必需参数或类型错误

🧪 测试

运行测试套件：

npm test

这将测试：

• API连接性
• 参数验证
• 错误处理

📁 项目结构

├── server.js              # 主服务器文件
├── package.json           # 项目配置和依赖
├── README.md             # 项目文档
├── LICENSE               # MIT许可证
├── .gitignore           # Git忽略规则
└── test/
    └── test-api.js       # 测试套件

🚀 开发

调试模式

使用Node.js调试器运行调试模式：

npm run dev

在调试器中设置断点进行开发。

贡献

1. Fork仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 为新功能添加测试
5. 提交拉取请求

📄 许可证

MIT许可证 - 详见LICENSE文件。

🤝 支持

• 问题反馈: GitHub Issues
• 邮箱: [email protected]

🔗 相关链接

• NCBI Entrez编程工具
• 模型上下文协议
• npm包