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面向 Claude Code 的生物医学研究全生命周期管理系统

学术研究的上下文工程 —— 从文献综述到 Nature/Science 发表。

npx grd-cli@latest

适合谁用

希望从一个初始研究问题出发，最终在顶级期刊 —— Nature、Science、Cell 及其子刊 —— 上发表论文的生物医学科学家，同时在整个过程中不丧失方法学严谨性和科学新颖性。

GRD 专为以下研究者打造：

• 在实验台前或面对数据集工作，需要一套覆盖完整发表周期的结构化系统
• 独立开展或协作推进研究，希望保持一致、可审计的研究进展
• 目标是高影响力发表，需要从第一天起就让假设、实验设计和稿件达到相应标准

工作原理

GRD 将一项研究组织为一系列阶段，每个阶段产出具体的成果物，并前馈到下一个阶段。

new-study
  → literature-review
  → refine-hypothesis
  → plan-phase
  → execute-phase
  → write-manuscript
  → submit

每一步都使用上下文工程，为 Claude Code 提供它所需的信息：已有文献、你的实验设计、审稿人关注点和发表标准。系统跨会话维护状态，确保在实验台工作和论文写作之间不会丢失任何信息。

快速上手（5 步）

1. /grd:new-study             → 初始化研究
2. /grd:literature review      → 文献综述
3. /grd:refine-hypothesis      → 精炼假设
4. /grd:plan-phase 1           → 创建执行计划
5. /grd:execute-phase 1        → 执行并验证

竞品启发的改进：

• 评审路由： quality-check 现在返回 PROCEED（通过）/ REVISE（修改）/ ESCALATE（升级）裁定
• 阴性结果： 失败实验连同推理过程一并归档

命令

46 个命令，分为 7 个类别。带子命令的命令（如 phase add）使用单一入口点加动作路由。

核心工作流

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:new-study | 初始化一项新研究，深度采集上下文并生成 PROJECT.md | | /grd:discuss-phase | 规划阶段前通过自适应提问收集阶段上下文 | | /grd:plan-phase | 创建详细的阶段计划（PLAN.md）并进行验证循环 | | /grd:execute-phase | 以波次并行方式执行阶段内所有计划 | | /grd:verify-work | 通过对话式 UAT 验证已完成的工作 | | /grd:next | 自动检测状态并推进到 GRD 工作流的下一逻辑步骤 | | /grd:progress | 查看项目进展，显示上下文并路由到下一步行动 | | /grd:quick | 以 GRD 保障执行快速任务 —— 跳过可选代理 | | /grd:fast | 内联执行琐碎任务 —— 无子代理，无规划开销 |

研究校准

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:literature review | 基于头脑风暴驱动的系统文献检索与综合 | | /grd:literature deepen | 针对特定子课题或研究领域的定向跟进文献检索 | | /grd:literature ingest | 读取全文 PDF 并将结构化笔记提取到知识库 | | /grd:literature flag | 将重要论文标记为关键，以便全文下载和分析 | | /grd:scout ideas | 跨学科灵感搜索 —— 从其他领域发现可迁移的研究范式 | | /grd:scout methods | 方法创新检索 —— 从近期顶刊发现新颖的研究方法 | | /grd:refine-hypothesis | 通过深度对话构建并迭代优化研究假设 | | /grd:quality-check challenge | 模拟顶刊审稿人挑战你的研究设计，提前发现致命缺陷 | | /grd:quality-check novelty | 评估假设新颖性并识别近期竞争性工作 | | /grd:quality-check gate | 执行前运行 6 维度综合准备度评估 | | /grd:research-phase | 研究如何实施某一阶段（独立命令 —— 通常使用 plan-phase） |

学术产出

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:write manuscript | 基于头脑风暴驱动的稿件撰写，面向目标期刊 | | /grd:respond-reviewers | 审稿意见分析、策略头脑风暴，生成逐条回复信 | | /grd:analyze-data | 引导式数据分析工作流 —— 调度执行器配合科学技能运行统计分析 | | /grd:make-figures | 头脑风暴、生成并迭代优化发表级质量图表 | | /grd:submit | 创建 PR，运行审查，验证通过后准备合并 |

基金与专利

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:write grant | 基于头脑风暴驱动的基金申请书撰写（国家自然科学基金、人才计划、国际项目） | | /grd:write patent | 基于头脑风暴驱动的专利申请文件生成与权利要求迭代 | | /grd:scan-funding | 基于头脑风暴驱动的资助机会与人才计划扫描 |

项目管理

里程碑

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:new-milestone | 开始新的里程碑周期 —— 更新 PROJECT.md 并路由到需求 | | /grd:milestone complete | 归档已完成的里程碑并准备下一版本 | | /grd:milestone audit | 归档前审计里程碑完成度与原始意图的匹配程度 | | /grd:milestone summary | 从里程碑产出物生成综合项目摘要，用于团队入职和评审 | | /grd:milestone gaps | 创建阶段以弥补里程碑审计发现的所有差距 |

阶段管理

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:phase add | 在当前里程碑路线图末尾追加阶段 | | /grd:phase insert | 在现有阶段之间插入紧急工作（小数编号） | | /grd:phase remove | 移除未来阶段并重新编号后续阶段 | | /grd:list-phase-assumptions | 在规划前展示 Claude 对阶段实施方法的假设 | | /grd:validate-phase | 回顾性审计已完成阶段并填补验证空白 | | /grd:tracks | 管理并行研究轨道 —— 列出、创建、切换、查看状态、进展、完成 |

工作空间

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:workspace new | 创建隔离的工作空间，包含仓库副本和独立的 .planning/ | | /grd:workspace list | 列出活跃的 GRD 工作空间及其状态 | | /grd:workspace remove | 移除 GRD 工作空间并清理 worktree |

会话管理

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:session pause | 在阶段中途暂停时创建上下文交接文档 | | /grd:session resume | 从上次会话恢复工作，完整还原上下文 | | /grd:session report | 生成会话报告：token 用量估算、工作摘要和成果 | | /grd:collab-status | 追踪和更新协作任务状态 —— 委托实验、共享数据、外部贡献 |

任务管理

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:todo add | 从当前对话上下文中捕获想法或任务为待办项 | | /grd:todo check | 列出待办事项并选择一个开始执行 | | /grd:do | 将自由文本自动路由到正确的 GRD 命令 | | /grd:backlog add | 将想法添加到待办积压池（999.x 编号） | | /grd:backlog review | 审查积压项并提升到活跃里程碑 | | /grd:note | 零摩擦灵感捕捉 —— 追加、列出或将笔记提升为待办 | | /grd:plant-seed | 捕获前瞻性想法并设置触发条件 —— 在合适的里程碑自动浮现 | | /grd:thread | 管理持久上下文线程，支持跨会话工作 |

工具

| 命令 | 功能 | |------|------| | /grd:autonomous | 自主运行所有剩余阶段 —— 每个阶段执行讨论、规划、执行 | | /grd:manager | 交互式命令中心，从一个终端管理多个阶段 | | /grd:review | 请求外部 AI CLI 对阶段计划进行跨 AI 同行评审 | | /grd:debug | 跨上下文重置的系统化调试，保持持久状态 | | /grd:forensics | 失败 GRD 工作流的事后调查 —— 分析 git 历史和产出物 | | /grd:health | 诊断规划目录健康状况并可选修复问题 | | /grd:cleanup | 归档已完成里程碑中累积的阶段目录 | | /grd:stats | 显示项目统计 —— 阶段、计划、需求、git 指标和时间线 | | /grd:settings | 配置 GRD 工作流开关和模型档案 | | /grd:set-profile | 切换 GRD 代理的模型档案（质量/均衡/预算） | | /grd:help | 显示所有命令和使用指南 | | /grd:update | 更新 GRD 到最新版本并显示更新日志 |

快速开始

npx grd-cli@latest

安装器会提示你选择运行时（Claude Code）和安装位置（全局或仅限当前项目）。

许可证

MIT 许可证。详情见 LICENSE。