helixlife-expert-cli

解螺旋 5.0 后台体系 · 科研专家合集 CLI。一个 npm 包提供六个专家命名空间，Skill 按专家拆分后单独交付，从而对外只暴露当前专家。

Skill 与 CLI 已分离：cli/skills/ 下各专家目录不随本 npm 包发布。发给用户的是单个专家 Skill 目录，不是改 CLI 安装包。

安装

npm install -g helixlife-expert-cli
# 请求凭证由外部环境写入 ~/.config/helixlife/user-access-token.txt
helixlife-expert upgrade             # 检查并按需升级到 npm 最新版

Token 与接口基址配置位于 ~/.config/helixlife/：

• 配置：~/.config/helixlife/config.json
• Token：~/.config/helixlife/user-access-token.txt

与解螺旋其他 CLI 共用同一目录下的凭证文件。

环境地址

默认使用生产基址。可通过本地配置覆盖 api / agent_api（完整 URL，原样使用）：

helixlife-expert config                              # 查看当前生效地址
helixlife-expert config set api https://api.example.com
helixlife-expert config set agent_api https://agent.example.com

本地开发

npm install
npm run build
npm link
helixlife-expert --version

常用脚本：

npm run dev           # 直接跑 TypeScript 入口
npm run typecheck     # 类型检查
npm test              # 单元测试
npm run sync:skills          # 将共用环境说明同步到各 Skill 的 references/common.md
npm run pack:skill -- meta   # 导出单个专家目录到 dist-skills/helixlife-expert-meta/

发布

在仓库根目录执行：

npm publish

prepublishOnly 会自动执行 npm run build。发布内容仅含 cli/bin 与 cli/dist，不含 cli/skills/。

Skill 交付

发布约定：本仓库 npm 包不含 Skill。每次发给用户一个专家目录；替换 Agent 侧 Skill 即可，不必为此升 CLI 版本。

安装 / 升级 / 错误码的正文只维护在 cli/skills/_fragments/common.md。课题方案另有 external-newidea.md，由 npm run sync:skills 追加到该专家的 references/common.md。不要把 _fragments 或整个 cli/skills/ 发给用户。

交付某一个专家

每次只发一个专家目录，不要发整个 cli/skills/（其中含 _fragments 与其他专家）。推荐：

npm run pack:skill -- meta    # 或 fund / sci / analysis / literature / proposal

产物在 dist-skills/helixlife-expert-meta/。源目录结构如下：

cli/skills/helixlife-expert-meta/
├── SKILL.md
└── references/
    ├── common.md      # 安装 / 错误处理（自包含）
    └── meta.md        # 本专家细则

该 Skill 写死只允许 helixlife-expert meta …，即使本机 CLI 里还有其他专家命令，Agent 也不会去调。

| 专家 | Skill 目录 | | ---- | ---------- | | Meta 分析 | cli/skills/helixlife-expert-meta/ | | 基金写作 | cli/skills/helixlife-expert-fund/ | | SCI 写作 | cli/skills/helixlife-expert-sci/ | | 数据分析 | cli/skills/helixlife-expert-analysis/ | | 文献调研 | cli/skills/helixlife-expert-literature/ | | 课题方案 | cli/skills/helixlife-expert-proposal/ |

目录结构

helixlife-expert-cli/
├── package.json
└── cli/
    ├── bin/helixlife-expert.js
    ├── dist/
    ├── src/
    │   ├── core/            # 共用基础设施（api / config / token）
    │   └── modules/
    │       ├── upgrade/
    │       ├── shared/        # 跨专家共用（结果包装器、workflow-app 调用层）
    │       ├── meta/
    │       ├── fund/          # 含 nsfc（国自然）与 clinical（临床申请书）两个工作台
    │       ├── sci/
    │       ├── analysis/
    │       ├── literature/
    │       └── proposal/
    ├── tests/
    └── skills/              # 各专家 Skill，不随 npm 发布

命令命名空间

| 模块 | 命令示例 | 状态 | | ---- | -------- | ---- | | 升级 | helixlife-expert upgrade | 已实现 | | 配置 | helixlife-expert config | 已实现 | | 工作台探测 | helixlife-expert site-configs | 已实现（工作台类专家业务前置硬门禁） | | Meta 分析 | helixlife-expert meta workflow create | 已实现（选题/检索/筛选/抽提/统计/写作六步全流程） | | 基金写作 | helixlife-expert fund nsfc hypothesis create | 已实现（国自然四步 + 临床申请书三步） | | SCI 写作 | helixlife-expert sci outline create | 已实现（拟定主题/确认提纲/生成全文三步流程） | | 数据分析 | helixlife-expert analysis tool exec | 已实现（本 CLI 直接调用菜单、生信统一入口与上传接口） | | 文献调研 | helixlife-expert literature workflow run | 已实现（信息调研/结构化拆解/文献阅读/研究假设四工作流） | | 课题方案 | helixlife-expert proposal clinical run | 已实现（基础研究经外部 newidea CLI；临床研究五工作流 + 生信方案） |

Meta 分析专家迁移自 helixlife-service-cli 的 workbench meta，命令树为 meta workflow|topic|picos|criteria|retrieve|screening|extraction|analysis|writing。进入任何 Meta 业务命令前必须先通过 helixlife-expert site-configs --format=json 探测（细则见 cli/skills/helixlife-expert-meta/references/meta.md）。

SCI 写作专家迁移自 helixlife-service-cli 的 workbench sci，命令树为 sci template list / sci outline create / sci outline confirm create / sci article download；docx 导出走 Newidea 接口（固定基址 https://paas-api.newidea.pro，不读本地配置）。同样须先通过 site-configs 探测（细则见 cli/skills/helixlife-expert-sci/references/sci.md）。

基金写作专家迁移自 helixlife-service-cli 的 workbench nsfc（国自然申请书：假说 → 确认 → 提纲 → 全文四步）与 workbench clinical（临床申请书：选题评估 → 四要素 → 全文三步），命令树为 fund nsfc … 与 fund clinical … 两个子命名空间；技术路线图/假说机制图渲染与 docx 导出均走 Newidea 接口。同样须先通过 site-configs 探测（细则见 cli/skills/helixlife-expert-fund/references/nsfc.md 与 references/clinical.md）。

文献调研专家提供四个工作流（WF01 信息调研、WF02 结构化拆解、WF03 文献阅读、WF04 研究假设），命令树为 literature workflow list|params|run。四者均为「params 取动态表单 → run 填参执行」两步式，表单字段由后端实时返回，CLI 不做本地映射。主线为 WF01 → WF02 → WF04，工作流间数据由 Agent 串联，CLI 不隐式串。该专家不走 site-configs 门禁（细则见 cli/skills/helixlife-expert-literature/references/literature.md）。

数据分析专家由本 CLI 直接执行：helixlife-expert analysis tool search|menus|inspect|cloud|specific-search|prepare|exec 与 helixlife-expert analysis history list|view|download|rename|delete|save。菜单与菜单详情走 agent_api 的 /api/v1/agent/client/tool/menus，生信统一入口走 /api/v1/agent/client/bio-api；文件上传仍取 /api/v1/agent/upload/config 后直传 OSS。凭证与其他专家相同，读 ~/.config/helixlife/。Skill 细则见 cli/skills/helixlife-expert-analysis/references/（路由索引 + 393 项冻结目录 + 执行手册）。

课题方案专家先做基础 / 临床 / 生信三方向识别（证据不唯一时由 Skill 弹选择器兜底）。基础研究业务经外部 newidea CLI（newidea，npm：@helixlife-ai/newidea）执行，与本 CLI 共用 ~/.config/helixlife/ 凭证文件，按需被动安装（命令不存在再 npm install -g @helixlife-ai/newidea@latest）；Agent 直接调用 newidea invocation start / invocation process，成功后交付 ZIP 下载链接，不落盘、不解压。禁止执行 newidea login / newidea status / newidea logout。

临床研究与生信方案由本 CLI 直接调用工作流接口，与文献调研共用 shared/workflow-app 调用层，同为「params 取动态表单 → run 填参执行」两步式。临床命令树为 proposal clinical list|params|run，五个 source（diagnostic-study 诊断、prognosis-study 预后、treatment-trial 疗效试验、treatment-cohort 疗效队列、etiology-study 病因）的研究目的字段已被后端锁成单一选项，因而 source 即等价于研究目的，疗效方向需再按研究设计二选一；生信为单一工作流 bioinfo-planner，命令树 proposal bioinfo params|run，不设 --source；该方向在 Skill 侧多一步套路定位，冻结目录 bioinfo-pattern-catalog-v1.json（67 条，含一句话概述与数据层面），由 references/bioinfo-patterns.md 做召回索引与可行性核对，CLI 本身不解析该目录。临床表单声明 output_text 与 output_reference 两路输出，实测后端通常只回 output_text（参考文献并在正文末章），渲染层对缺失的已声明输出直接跳过。该专家不走 site-configs 门禁（细则见 cli/skills/helixlife-expert-proposal/references/proposal.md）。

Meta / 基金（国自然）模块额外引入运行时依赖：@resvg/resvg-js（SVG→PNG）、docx（Word 导出）、pdf-lib（PDF 导出）。