PubMed MCP Server v3.0

为 LLM Agent 提供结构化 PubMed 文献数据的 MCP 服务器。Agent 友好的响应模型，专注数据提供，分析交给 LLM。

LLM Agent <--MCP--> PubMed MCP Server <--API--> PubMed / PMC / Unpaywall

核心能力： 文献搜索 / 智能缓存 / OA 全文下载 / Agentic 响应模型

快速开始

前置要求： Node.js v18.0.0+

1. 安装

# npm 全局安装
npm install -g mcp-pubmed-llm-server

# 或从源码构建
git clone [email protected]:PancrePal-xiaoyibao/mcp-pubmed-server-pancrpal.git
cd mcp-pubmed-server-pancrpal
npm install && npm run build

2. 配置

cp .env.example .env

编辑 .env：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥    # 可选，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
PUBMED_EMAIL=你的邮箱               # 可选（建议填写）
ABSTRACT_MODE=quick                 # quick(1500字符) | deep(6000字符)
FULLTEXT_MODE=disabled              # disabled | enabled | auto

说明： API Key 和 Email 均非必填。无 Key 时匿名运行（3 次/秒），有 Key 时 10 次/秒。

3. 运行

# npm 包
mcp-pubmed-llm-server
# 或
npx mcp-pubmed-llm-server

# 源码开发
npm run dev

# 源码生产
npm run build && npm start

传输模式

| 模式 | 适用场景 | 启动方式 | |------|----------|----------| | stdio | 本地 MCP 客户端集成 | npm start（默认） | | Streamable HTTP | 服务端远程部署 | npm run start:http |

stdio 模式（默认）

npm start
# 或
node dist/index.js --mode=stdio

Streamable HTTP 模式

npm run start:http
# 或
node dist/index.js --mode=streamableHttp

Docker 部署：

cd docker
cp .env.example .env   # 编辑填入配置
docker compose up -d --build

验证：

curl http://localhost:8745/health
# {"status":"ok","mode":"streamableHttp","sessions":0}

端点：

• POST /mcp — MCP 协议消息
• GET /mcp — SSE 事件流
• DELETE /mcp — 关闭会话
• GET /health — 健康检查

MCP 客户端配置

Claude Desktop / Claude Code / Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥（可选）",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱（可选）",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

配置文件位置：

• Claude Desktop: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS)
• Claude Code: ~/.claude/config.json
• Cline: VS Code 设置中的 MCP Servers

Cherry Studio

stdio 模式： 同上配置，type 设为 stdio

streamableHttp 模式： type 设为 streamableHttp，baseUrl 设为 http://<服务器IP>:8745/mcp

工具列表（8 个）

文献搜索

| 工具 | 说明 | 关键参数 | |------|------|----------| | pubmed_search | 文献搜索，支持 Boolean/MeSH | query, max_results, days_back, sort_by, format | | pubmed_get_details | 获取 PMID 完整信息（单个或批量） | pmids, format | | pubmed_extract_info | 提取论文关键信息段落 | pmid, sections | | pubmed_find_related | 查找相关/综述文献 | pmid, type, max_results |

缓存管理

| 工具 | 说明 | 关键参数 | |------|------|----------| | pubmed_manage_cache | 缓存统计、清理、清空 | action, target |

全文下载（需 FULLTEXT_MODE=enabled）

| 工具 | 说明 | 关键参数 | |------|------|----------| | pubmed_detect_fulltext | 检测 OA 状态和全文可用性 | pmid, auto_download | | pubmed_download_fulltext | 下载全文 PDF（单篇或批量） | pmids, force | | pubmed_system_status | 系统环境和 API Key 状态检测 | 无 |

Agentic 响应模型

每个工具返回统一的 AgentResponse<T> 结构，为 AI Agent 优化：

{
  "status": "success",
  "data": { ... },
  "metadata": {
    "tool": "pubmed_search",
    "executionMs": 1234,
    "timestamp": "2025-01-01T00:00:00.000Z",
    "pagination": { "total": 500, "returned": 20, "hasMore": true }
  },
  "suggestions": [
    {
      "tool": "pubmed_get_details",
      "reason": "Get full metadata for specific articles of interest.",
      "parameters": { "pmids": ["12345678"] }
    }
  ]
}

• status — 成功/错误状态
• data — 类型化的返回数据
• metadata — 执行上下文（耗时、分页、缓存状态）
• suggestions — Agent 下一步操作建议（工具名 + 原因 + 参数）

API Key 池配置

支持多个 NCBI API Key 轮询/主备/随机负载均衡。

在项目根目录创建 api-keys.json（参见 api-keys.json.example）：

{
  "keys": [
    { "api_key": "KEY_1", "email": "[email protected]" },
    { "api_key": "KEY_2", "email": "[email protected]" }
  ],
  "strategy": "round-robin"
}

| 策略 | 说明 | |------|------| | round-robin | 轮询（默认） | | failover | 主备切换 | | random | 随机负载均衡 |

优先级： api-keys.json > 环境变量 > 匿名模式

健康管理： 连续 3 次失败自动下线，60 秒冷却后恢复

项目结构

src/
├── index.ts                  # 入口点
├── config.ts                 # 配置常量 + 环境变量
├── server.ts                 # MCP Server 编排器
├── types/                    # TypeScript 类型定义
│   ├── article.ts            # Article, SearchResult, OAInfo
│   ├── responses.ts          # AgentResponse<T>, makeResponse/makeError
│   └── index.ts
├── api/
│   ├── pubmed-client.ts      # PubMed EUtilities 客户端
│   └── key-pool.ts           # API Key 号池（轮询/主备/随机）
├── cache/
│   ├── memory-cache.ts       # 内存 LRU 缓存（5 分钟，100 条上限）
│   └── file-cache.ts         # 文件持久化缓存（30 天过期）
├── services/
│   ├── fulltext.ts           # OA 检测 + PDF 下载
│   └── system.ts             # 系统环境检测
├── tools/
│   ├── definitions.ts        # MCP 工具 Schema（8 个工具）
│   └── handlers.ts           # 工具路由 + 处理逻辑
├── transport/
│   ├── stdio.ts              # stdio 传输
│   └── streamable-http.ts    # HTTP 传输（Express）
└── utils/
    └── formatter.ts          # 文章格式化（compact/standard/detailed）

故障排除

| 问题 | 解决方案 | |------|----------| | 依赖缺失 | npm install && npm run build | | PubMed API 调用失败 | 检查网络；有 Key 时确认 Key 有效 | | Key 池全部不可用 | 检查 api-keys.json 中 Key 是否有效，60 秒后自动恢复 | | 端口被占用 | lsof -i :8745 查看，或设置 PORT=其他端口 | | Docker 健康检查失败 | 检查 .env 配置，docker logs pubmed-mcp |

许可证

MIT License