mcp-pubmed-llm-server

v2.4.0

Published

2 months ago

Enhanced PubMed MCP server with LLM-powered intelligent search and analysis

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mcp pubmed llm biomedical search research openai

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🧬 PubMed Data Server v2.0

🔬 极简架构，专注数据提供 - 为LLM提供结构化的PubMed文献数据

🎯 核心功能

四大核心功能，满足学术研究的全方位需求

📚 论文索引搜索 - 智能文献检索

关键词搜索：支持复杂查询语法，精准定位相关文献
批量查询：一次获取多篇论文的详细信息
交叉引用：发现相关研究，构建知识网络
事实核查：验证研究结论，提供证据支持

💾 智能缓存系统 - 高效数据管理

本地缓存：避免重复API调用，提升响应速度
缓存统计：实时监控缓存状态和存储使用情况
智能更新：自动检测数据变化，保持缓存新鲜度
存储优化：压缩存储，节省磁盘空间

📄 OA论文全文下载 - 开放获取文献获取

全文检测：自动识别可下载的开放获取论文
智能下载：模拟人类行为，避免被反爬虫机制拦截
批量处理：支持大量论文的批量下载和管理
格式支持：PDF格式，便于阅读和引用

📋 EndNote格式导出 - 文献管理集成

RIS格式：兼容EndNote、Zotero等主流文献管理软件
BibTeX格式：支持LaTeX写作和学术引用
自动导出：查询结果自动生成引用文件
批量处理：支持大量文献的批量导出

🎯 核心理念

MCP服务器 = 数据提供者，外部LLM = 智能分析

用户客户端(LLM) ←→ MCP服务器(PubMed数据) ←→ PubMed API
     ↑                      ↑
  智能分析              数据获取+结构化

核心优势：

✅ 极简配置：只需PubMed API和邮箱
✅ LLM友好：结构化输出，优化上下文窗口
✅ 高效检索：批量查询、交叉引用、事实核查

🚀 快速部署

💡 新功能：支持SSE模式云端部署！ 现在可以通过 npm run start:sse 启动SSE服务器，支持远程访问和多客户端并发连接。详见云端部署指南

前置要求

安装Node.js (v18.0.0+)：nodejs.org

方式一：使用 npm 安装（推荐）

通过 npm 全局安装或本地安装：

# 全局安装
npm install -g mcp-pubmed-llm-server

# 或本地安装
npm install mcp-pubmed-llm-server

安装后，可以通过以下方式使用：

# 全局安装后直接运行
mcp-pubmed-llm-server

# 或本地安装后使用 npx
npx mcp-pubmed-llm-server

方式二：从源码安装

如果你想从源码安装或贡献代码：

# 克隆仓库
git clone [项目地址] mcp-pubmed-server
cd mcp-pubmed-server

# 安装依赖
npm install

步骤三：配置API密钥

cp .env.example .env
# 编辑.env文件，填入以下内容：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥
PUBMED_EMAIL=你的邮箱地址

获取API密钥：

访问 NCBI API Key Management
登录NCBI账户，生成API密钥

步骤四：运行模式选择

服务器支持两种运行模式：

stdio 模式（默认） - 本地开发推荐

适用于本地开发、MCP客户端集成（如Claude Desktop、Cline等）

# 方式一：使用npm脚本
npm run start:stdio

# 方式二：直接运行
node src/index.js --mode=stdio

# 方式三：默认模式（不指定参数时自动使用stdio）
node src/index.js

特点：

✅ 通过标准输入输出与MCP客户端通信
✅ 适合本地开发和MCP客户端集成
✅ 无需配置端口，开箱即用

SSE 模式 - 云端部署推荐

适用于云端部署、远程访问、多客户端并发访问

# 使用npm脚本启动
npm run start:sse

# 或直接运行
node src/index.js --mode=sse

# 指定端口（默认3000）
PORT=8080 node src/index.js --mode=sse

特点：

✅ 基于HTTP Server-Sent Events (SSE) 协议
✅ 支持远程访问和云端部署
✅ 支持多客户端并发连接
✅ 提供健康检查端点

SSE模式端点：

GET /sse - 建立SSE连接
POST /message - 接收客户端消息（需要sessionId参数）
GET /health - 健康检查端点

环境变量配置：

# SSE模式端口配置（可选，默认3000）
PORT=3000

# 或通过命令行参数指定模式
# --mode=stdio 或 --mode=sse
# 或通过环境变量 MCP_TRANSPORT=stdio 或 MCP_TRANSPORT=sse

步骤五：测试服务器

测试stdio模式：

npm run start:stdio
# 看到 "PubMed Data Server v2.0 running on stdio" 表示成功

测试SSE模式：

npm run start:sse
# 看到以下信息表示成功：
# "PubMed Data Server v2.0 running on SSE"
# "[SSE] Server listening on http://0.0.0.0:3000"
# "[SSE] SSE endpoint: http://0.0.0.0:3000/sse"
# "[SSE] Message endpoint: http://0.0.0.0:3000/message"
# "[SSE] Health check: http://0.0.0.0:3000/health"

验证SSE模式健康检查：

curl http://localhost:3000/health
# 应返回：{"status":"ok","mode":"sse","sessions":0}

环境变量说明：项目已内置 .env 自动加载（使用 dotenv）。在项目根目录创建 .env，例如：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥
PUBMED_EMAIL=你的邮箱地址
# 摘要截断模式：quick | deep
# quick：1500 字符（快速检索，可能不包含完整摘要）
# deep：6000 字符（深度检索；建议模型上下文窗口 ≥ 120k tokens）
ABSTRACT_MODE=quick
# 全文模式：disabled | enabled | auto
# disabled：禁用全文功能（默认）
# enabled：启用全文检测，手动下载
# auto：启用全文检测，自动下载可用的OA论文
FULLTEXT_MODE=disabled
# EndNote导出：enabled | disabled
# enabled：自动导出RIS和BibTeX格式（默认）
# disabled：禁用EndNote导出
ENDNOTE_EXPORT=enabled
# SSE模式端口配置（仅SSE模式需要，默认3000）
PORT=3000
# 传输模式选择（可选，默认stdio）
# 可通过命令行参数 --mode=stdio 或 --mode=sse 覆盖
MCP_TRANSPORT=stdio

步骤六：MCP客户端配置

1. Cline (VS Code Extension) 配置

使用 npm 包（推荐）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或使用全局安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "mcp-pubmed-llm-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或从源码安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["./src/index.js"],
      "cwd": "完整路径/to/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

路径示例：

Linux/macOS: /home/user/mcp-pubmed-server
Windows: C:/Users/YourUser/mcp-pubmed-server

2. Cherry Studio (Windows) 配置

使用 npm 包（推荐）：

{
  "mcpServers": {
    "VBFfGqCFz9AuZJXX2f5GL": {
      "name": "pubmed-data-server",
      "type": "stdio",
      "isActive": true,
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或使用全局安装：

{
  "mcpServers": {
    "VBFfGqCFz9AuZJXX2f5GL": {
      "name": "pubmed-data-server",
      "type": "stdio",
      "isActive": true,
      "command": "mcp-pubmed-llm-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或从源码安装：

{
  "mcpServers": {
    "VBFfGqCFz9AuZJXX2f5GL": {
      "name": "pubmed-data-server",
      "type": "stdio",
      "isActive": true,
      "command": "node",
      "args": [
        "Y:/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

Windows 网络映射配置说明：

npm 包方式最简单，无需配置路径
也可以使用本地路径如 C:/mcp-pubmed-server/src/index.js
注意: Cherry Studio 不支持 cwd 参数

3. Claude Desktop 配置

编辑 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS) 或 %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json (Windows):

使用 npm 包（推荐）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或使用全局安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "mcp-pubmed-llm-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或从源码安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"],
      "cwd": "/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或使用项目内置模板：

cp config/claude_desktop_config.json.example config/claude_desktop_config.json
# 编辑配置文件，填入API密钥

4. Claude Code (CLI) 配置

编辑 ~/.claude/config.json:

使用 npm 包（推荐）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或使用全局安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "mcp-pubmed-llm-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

或从源码安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"],
      "cwd": "/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

步骤七：验证集成

在客户端中测试：使用pubmed_search工具搜索"acupuncture"

☁️ 云端部署指南

SSE模式云端部署

SSE模式专为云端部署设计，支持远程访问和多客户端并发连接。

部署步骤：

准备服务器环境

# 安装Node.js (v18.0.0+)
# 克隆或上传项目到服务器
git clone [项目地址]
cd mcp-pubmed-server-pancrpal
npm install

配置环境变量

# 创建.env文件
cp .env.example .env
# 编辑.env，填入API密钥和邮箱

启动SSE服务器

# 使用PM2等进程管理器（推荐）
npm install -g pm2
pm2 start npm --name "pubmed-server" -- run start:sse
   
# 或直接运行
PORT=3000 npm run start:sse

配置防火墙和反向代理（可选）

# Nginx配置示例
server {
    listen 80;
    server_name your-domain.com;
       
    location / {
        proxy_pass http://localhost:3000;
        proxy_http_version 1.1;
        proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
        proxy_set_header Connection 'keep-alive';
        proxy_set_header Host $host;
        proxy_cache_bypass $http_upgrade;
    }
}

验证部署

# 健康检查
curl http://your-server:3000/health
# 应返回：{"status":"ok","mode":"sse","sessions":0}

使用场景对比：

| 模式 | 适用场景 | 优势 | |------|----------|------| | stdio | 本地开发、MCP客户端集成 | 简单、无需配置端口 | | SSE | 云端部署、远程访问 | 支持多客户端、可扩展 |

生产环境建议：

✅ 使用进程管理器（PM2、systemd等）确保服务持续运行
✅ 配置反向代理（Nginx、Caddy等）提供HTTPS支持
✅ 设置防火墙规则，仅开放必要端口
✅ 配置日志轮转和监控告警
✅ 定期更新依赖和检查安全漏洞

🛠️ 11个高效工具

1. `pubmed_search` - 智能文献搜索

{
  "query": "acupuncture gut microbiome",
  "max_results": 20,
  "days_back": 30,
  "sort_by": "relevance"
}

2. `pubmed_get_details` - 详细信息获取

{
  "pmids": ["38412345", "38412346"],
  "include_full_text": true
}

3. `pubmed_extract_key_info` - 关键信息提取

{
  "pmid": "38412345",
  "extract_sections": ["basic_info", "abstract_summary", "authors", "keywords"],
  "max_abstract_length": 2000
}

4. `pubmed_cross_reference` - 交叉引用分析

{
  "pmid": "38412345",
  "reference_type": "similar",
  "max_results": 10
}

5. `pubmed_batch_query` - 批量查询优化

{
  "pmids": ["38412345", "38412346", "38412347"],
  "query_format": "llm_optimized",
  "include_abstracts": true
}

6. `pubmed_detect_fulltext` - 检测全文可用性

{
  "pmid": "38412345",
  "auto_download": false
}

7. `pubmed_download_fulltext` - 下载全文PDF

{
  "pmid": "38412345",
  "force_download": false
}

8. `pubmed_fulltext_status` - 全文缓存管理

{
  "action": "stats",
  "pmid": "38412345"
}

9. `pubmed_batch_download` - 批量智能下载

{
  "pmids": ["38412345", "38412346", "38412347"],
  "human_like": true
}

10. `pubmed_system_check` - 系统环境检测

{}

11. `pubmed_endnote_status` - EndNote导出管理

{
  "action": "stats"
}

🏗️ 架构特色

📊 LLM优化输出

简洁格式：标题、作者、期刊、日期
详细格式：完整元数据+结构化摘要
LLM优化格式：智能截断、关键点提取、关键词组织

🧠 上下文窗口管理

摘要截断模式（通过环境变量配置）：
- QUICK 模式：1500 字符，快速检索，可能不包含完整摘要
- DEEP 模式：6000 字符，深度检索；建议模型上下文窗口 ≥ 120k tokens（批量查询时更稳妥）
关键点提取（5个要点）
结构化信息分层

🔍 事实核查支持

交叉引用相关文献
相似研究对比
综述文献查找

⚡ 性能优化

速率限制管理（PubMed API限制）
批量查询优化（最多20个PMID）
错误重试机制

📝 使用场景

🔬 学术研究辅助

用户：我想了解针灸治疗肠易激综合征的最新研究
LLM → pubmed_search → 获取数据 → 智能分析和总结

✅ 事实核查

用户：这篇论文说某种化合物能治疗癌症，是真的吗？
LLM → pubmed_get_details → pubmed_cross_reference → 核查相关研究

📈 文献综述

用户：帮我分析某个领域的研究趋势
LLM → 批量查询 → 趋势分析 → 研究方向建议

💡 生物学问答

用户：某个蛋白质的功能是什么？
LLM → pubmed_search → pubmed_extract_key_info → 精准回答

📁 项目结构

mcp-pubmed-server/
├── src/
│   └── index.js              # 主服务器代码
├── config/
│   ├── mcp-config.json       # MCP配置模板
│   └── claude_desktop_config.json  # Claude Desktop配置
├── .env.example              # 环境变量模板
├── package.json              # 项目依赖配置
└── README.md                 # 本文件

🔍 故障排除

常见问题

"找不到模块 @modelcontextprotocol/sdk"

# 如果使用 npm 包
npm install -g mcp-pubmed-llm-server
   
# 如果从源码安装
npm install

"PubMed API调用失败"
- 检查API密钥是否正确
- 确认网络连接正常
- 等待速率限制重置
"环境变量未设置"
- 确保 .env 文件存在
- 检查变量名拼写
Cherry Studio配置错误
- 使用完整路径到 src/index.js
- 不要使用 cwd 参数
- 使用正斜杠 / 或双反斜杠 \\
SSE模式启动失败
- 检查端口是否被占用：lsof -i :3000 (macOS/Linux) 或 netstat -ano | findstr :3000 (Windows)
- 确认防火墙允许指定端口访问
- 检查环境变量 PORT 是否正确设置
- 验证SSE端点可访问：curl http://localhost:3000/health
SSE模式连接问题
- 确保客户端支持SSE协议
- 检查网络连接和防火墙设置
- 验证sessionId是否正确传递
- 查看服务器日志获取详细错误信息

部署清单

[ ] Node.js已安装 (v18.0.0+)
[ ] npm 包已安装 (npm install -g mcp-pubmed-llm-server) 或从源码安装 (npm install)
[ ] 环境变量已配置（通过 .env 文件或 MCP 客户端配置）
[ ] 服务器可正常启动
[ ] MCP客户端配置正确

📦 安装方式对比

| 方式 | 优点 | 缺点 | 适用场景 | |------|------|------|----------| | npm 包安装 | 简单快捷，自动更新，无需管理源码 | 需要配置环境变量 | 生产环境，推荐 | | 源码安装 | 可自定义修改，开发调试方便 | 需要手动更新，路径配置复杂 | 开发环境，贡献代码 |

📄 许可证

Apache License 2.0

📚 详细文档

全文模式与智能下载系统完整指南 - 完整的全文模式和跨平台智能下载使用指南
EndNote导出功能使用指南 - EndNote兼容格式自动导出功能
配置说明文档 - 环境变量和MCP客户端配置指南
GitHub Actions 自动发布指南 - npm 自动发布工作流说明
项目结构说明 - Cursor规则和项目架构说明

📦 npm 包信息

包名: mcp-pubmed-llm-server
安装: npm install -g mcp-pubmed-llm-server
使用: npx mcp-pubmed-llm-server 或 mcp-pubmed-llm-server

🎉 简单、高效、专注 - 现代MCP服务标准

版本 2.0 - 简化架构，专注数据提供

Published

Vulnerabilities

Links

Maintainers

Keywords

Readme

🧬 PubMed Data Server v2.0

🎯 核心功能

📚 论文索引搜索 - 智能文献检索

💾 智能缓存系统 - 高效数据管理

📄 OA论文全文下载 - 开放获取文献获取

📋 EndNote格式导出 - 文献管理集成

🎯 核心理念

🚀 快速部署

前置要求

方式一：使用 npm 安装（推荐）

方式二：从源码安装

步骤三：配置API密钥

步骤四：运行模式选择

stdio 模式（默认） - 本地开发推荐

SSE 模式 - 云端部署推荐

步骤五：测试服务器

步骤六：MCP客户端配置

1. Cline (VS Code Extension) 配置

2. Cherry Studio (Windows) 配置

3. Claude Desktop 配置

4. Claude Code (CLI) 配置

步骤七：验证集成

☁️ 云端部署指南

SSE模式云端部署

部署步骤：

使用场景对比：

生产环境建议：

🛠️ 11个高效工具

1. pubmed_search - 智能文献搜索

2. pubmed_get_details - 详细信息获取

3. pubmed_extract_key_info - 关键信息提取

4. pubmed_cross_reference - 交叉引用分析

5. pubmed_batch_query - 批量查询优化

6. pubmed_detect_fulltext - 检测全文可用性

7. pubmed_download_fulltext - 下载全文PDF

8. pubmed_fulltext_status - 全文缓存管理

9. pubmed_batch_download - 批量智能下载

10. pubmed_system_check - 系统环境检测

11. pubmed_endnote_status - EndNote导出管理

🏗️ 架构特色

📊 LLM优化输出

🧠 上下文窗口管理

🔍 事实核查支持

⚡ 性能优化

📝 使用场景

🔬 学术研究辅助

✅ 事实核查

📈 文献综述

💡 生物学问答

📁 项目结构

🔍 故障排除

常见问题

部署清单

📦 安装方式对比

📄 许可证

📚 详细文档

📦 npm 包信息

1. `pubmed_search` - 智能文献搜索

2. `pubmed_get_details` - 详细信息获取

3. `pubmed_extract_key_info` - 关键信息提取

4. `pubmed_cross_reference` - 交叉引用分析

5. `pubmed_batch_query` - 批量查询优化

6. `pubmed_detect_fulltext` - 检测全文可用性

7. `pubmed_download_fulltext` - 下载全文PDF

8. `pubmed_fulltext_status` - 全文缓存管理

9. `pubmed_batch_download` - 批量智能下载

10. `pubmed_system_check` - 系统环境检测

11. `pubmed_endnote_status` - EndNote导出管理