科研记忆协议模板

一个面向 AI agent、Obsidian 和 MCP 的本地优先科研项目记忆系统。

它的目标不是让某个 agent “凭记忆工作”，而是把项目状态、证据链、版本记录、图表迭代和任务总结写入一个所有 agent 都能读取的 Markdown 记忆库。

解决的问题

• 不同会话之间 agent 忘记项目背景。
• 旧材料被重复读取、重复转换、重复整理。
• 图表、稿件、结果有多个版本，回来以后分不清哪个是当前推荐版本。
• AI 生成内容和已核验科研证据混在一起。
• Codex、Pi agent、opencode、Claude、Cursor 等不同 agent 没有统一记忆入口。

核心思路

Obsidian Vault = 正式科研记忆库 / source of truth
Project Hub / Registry = 项目当前真相和证据索引
MCP server = 受控读取与写回工具
Agent 内部 memory = 可选辅助召回，不是证据来源

两种使用方式

方式 A：MCP 模式

适合支持 MCP 的 agent，例如 opencode、Pi agent、Claude Desktop、Cursor 等。

MCP 提供这些工具：

• read_bootstrap：读取全域启动协议
• detect_project：按当前目录识别项目
• read_project_memory：读取 Project Hub / Project Memory / Intake / Registry
• append_task_summary：任务结束写回工作记忆
• append_figure_version：同步图表版本状态，不删除图
• list_projects：列出项目
• file_fingerprint：计算文件 sha256，用于防重复转换

方式 B：无 MCP 文件协议模式

适合任何能读写本地文件的 agent。

让 agent 直接读取：

• ~/.research-memory/BOOTSTRAP.md
• 当前目录 .research-memory.md
• 00_Project Hub.md
• 00_Project Memory.md
• 相关 Registry

任务结束后，agent 直接编辑 Markdown 写回 Task Summary 和 Project Memory。

快速开始

1. 复制启动协议

mkdir -p ~/.research-memory
cp templates/BOOTSTRAP.md ~/.research-memory/BOOTSTRAP.md

编辑 ~/.research-memory/BOOTSTRAP.md，把：

<YOUR_OBSIDIAN_VAULT>

替换为你的 Obsidian Vault 路径。

2. 复制协议文件到 Obsidian

mkdir -p "<your-vault>/research-memory-vault/00-control"
cp templates/global-research-memory-protocol.md "<your-vault>/research-memory-vault/00-control/"
cp templates/external-project-path-map.md "<your-vault>/research-memory-vault/00-control/"

3. 配置 MCP 环境变量

export RESEARCH_MEMORY_ROOT="<your-vault>/research-memory-vault"
export RESEARCH_MEMORY_BOOTSTRAP="$HOME/.research-memory/BOOTSTRAP.md"

4. 启动 MCP server

node mcp/research-memory-mcp.mjs

npm 安装

发布到 npm 后可使用：

npm install -g research-memory-protocol-template
research-memory-mcp

或者：

npx research-memory-protocol-template

给 agent 的提示词

MCP 模式：

使用 research_memory MCP。先调用 read_bootstrap，再 detect_project，再 read_project_memory。执行任务时遵守科研记忆协议：不编造、不自动移动旧文件、不自动删除图表，优先读概要和 Registry，必要时再深读源文件。任务结束用 append_task_summary 写回工作记忆；图表更新用 append_figure_version。最终结论必须等我确认后才能写入长期数据库。

无 MCP 模式：

进入科研记忆系统工作模式，但不要使用 MCP。请直接读取 ~/.research-memory/BOOTSTRAP.md 和当前目录的 .research-memory.md，然后读取对应 Project Hub / Project Memory / 相关 Registry。任务结束时直接写回 Task Summary、Project Memory 和相关 Registry。最终结论必须等我确认。

图表版本规则

图表文件不默认进入长期记忆库，长期记忆库只记录图表元数据：

• Figure ID
• 版本
• 文件路径
• 状态
• 来源数据
• 生成脚本
• 修改原因
• 是否人工核验
• 是否用于正式稿件

Agent 不得自动删除旧图，除非用户明确批准。

推荐状态：

| Status | 含义 | |---|---| | current | 当前推荐版本 | | candidate | 候选版本，仍在比较 | | superseded | 已被替代，但短期可回滚 | | rejected | 明确不采用，清理仍需用户确认 | | archived | 关键历史版、投稿版或不可复现版本 | | missing | Registry 记录存在，但本地未找到 | | deleted | 文件已删除，仅保留记录 |

安全边界

MCP 可以自动写回：

• Task Summary
• 读取材料
• 文件变更
• 待核验项
• 证据缺口
• 图表版本状态

但不能自动写成“已验证结论”：

• 研究主结论
• 统计解释
• 医学结论
• 文献证据等级
• 可投稿判断
• 正式采用或废弃某个结果

这些必须由用户确认。

隐私提醒

不要开源你的真实 Obsidian Vault、未发表论文、真实数据、患者信息、真实项目路径或 API key。

本仓库只包含模板和 fake 示例。